R语言 PROcess包 quality()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

quality(PROcess)
quality()所属R语言包：PROcess

                                        Quality Check on a Set of Spectra
                                         集上的光谱质量检查

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compute three quality parameters for a set of spectra.
三个质量参数计算为一组光谱。


用法----------Usage----------


quality(Ma, peakinfofile, cutoff)



参数----------Arguments----------

参数：Ma
a Matrix where the baseline-subtracted spectra are stored column wise.
一个基线减去谱列明智的存储矩阵。


参数：peakinfofile
a ".csv" file in the same format as  Ciphergen's peak info file, with 5 columns data. See Details of getPeaks.
“赛弗吉的峰值info文件相同的格式，有5列数据。CSV”文件。详情请参阅getPeaks。


参数：cutoff
The point in m/z below which spectra are cutoff.
在以下的m / z光谱点截止。


Details

详情----------Details----------

The quality parameters are computed a la fashion de Mani. 1. Estimate noise by moving average with a 5 point window. 2. Estimate the noise envelop by 3 times the standard deviation of noise in a 251 point moving window. 3. Compute the area under the baseline-subtracted curve, area0. 4. Compute the area after subtracting the noise envelop from the baseline-subtracted curve, area1. 5. Parameter 'Quality' is defined as area1/area0. 6. Parameter 'Retain' is defined as the number of points with height above 5 times the noise envelop over total number of points in the spectrum. 7. Detect peaks in each spectrum by getPeaks or Ciphergen software. 8. Parameter 'peak' is defined as the number of peaks in a spectrum divided by the mean number of peaks across spectra.
质量参数计算A LA时尚的摩尼。 1。估计噪声均线与5点窗口。 2。估计的3倍噪声的标准偏差在251点的移动窗口的噪音信封。 3。计算减去基准曲线，area0下的区域。 4。面积计算减去噪声信封从基线减去曲线，AREA1后。 5。参数“质量”的定义为area1/area0。 6。参数“保留”的定义具有高度的5倍以上的噪音在频谱点的总数超过信封的数量点。 7。 getPeaks或赛弗吉软件检测每个谱峰。 8。参数高峰定义为跨越谱峰的平均数除以频谱峰数量。

A spectrum is considered to be of poor quality if Quality<0.4, Retain<0.1 and peak<0.5 simultaneously.
频谱被认为是质量差，如果质量<0.4，保留<0.1，峰值<0.5同时。


值----------Value----------

A matrix with three named columns, 'Quality','Retain' and 'peak', with spectrum file names as row names.
与三个命名列的矩阵，“质量”，“保留”和“高峰”，频谱作为行名的文件名。


作者（S）----------Author(s)----------


Xiaochun Li



举例----------Examples----------


example(getPeaks)
qualRes <- quality(testM, peakfile, cutoff=1500)

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注：
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