R语言 PROcess包 pk2bmkr()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pk2bmkr(PROcess)
pk2bmkr()所属R语言包：PROcess

                                        Find Biomarkers.
                                         寻找生物标志物。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Align peaks of spectra in "peakinfofile" and find biomarkers by a procedure described in Gentleman and Geyer (1994).
对齐谱峰peakinfofile“和由君子和盖尔（1994）在介绍的过程中发现的生物标志物。


用法----------Usage----------


pk2bmkr(peakinfofile, bseoffM, bmkfile, eps = 0.003, binary = F,p.fltr = 0.1)



参数----------Arguments----------

参数：peakinfofile
a ".csv" file in the same format as    Ciphergen's peakinfo file with 5 columns  data,  Spectrum.Tag, Spectrum., Peak., Intensity and   Substance.Mass.
“。CSV文件中，作为赛弗吉peakinfo 5列数据，Spectrum.Tag，频谱，山顶，强度和Substance.Mass的文件格式相同。


参数：bseoffM
a matrix holding the baseline-substracted  spectra, with row-names as the m/z values and  column-names  as the spectrum names.  
矩阵为m / z值和频谱名列名列名中减去基线谱。


参数：bmkfile
a ".csv" file in the same format as    Ciphergen's biomarker file, with spectra (samples)  as columns, and biomarkers as rows.
赛弗吉的生物标志物文件相同的格式，列谱（样品），作为行的生物标志物“。CSV文件。


参数：eps
expected experimental variation in the m/z values.
实验预计在m / z值的变化。


参数：binary
output intensity or binary peak  presence/absence signals.  
输出强度或二进制峰值信号存在/不存在。


参数：p.fltr
a number between 0 and 1. If a proto-biomarker  is identified as peak in > p.fltr x 100 percent of spectra,  it's kept in 'bmkfile'.  
0和1之间的数字。如果一个原始的生物标志物被确定为高峰p.fltr x 100％的光谱，它保持bmkfile。


值----------Value----------

A dataframe with spectra as rows and biomarkers as  columns. Spectrum labels and biomarker positions may be in  the names of the dataframe.
A作为dataframe行和列的生物标志物谱。频谱标签和生物标志物的位置可能是中的dataframe名称。


作者（S）----------Author(s)----------


Xiaochun Li



参考文献----------References----------

likelihood for interval censored data: Consistency and

参见----------See Also----------

rmBaseline,getPeaks
rmBaseline，getPeaks


举例----------Examples----------


example(getPeaks)
bmkfile <- paste(tempdir(),"testbiomarker.csv",sep="/")
testBio <- pk2bmkr(peakfile, rtM, bmkfile)

## plot biomarker intensities of the 2 spectra[＃积2光谱生物标志物的强度]

mzs <- as.numeric(rownames(rtM))
matplot(mzs, rtM, type="l", xlim=c(1000, 10000))

bks <- getMzs(testBio)
abline(v=bks, col="green")

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