R语言 PREDA包 statisticsForPREDAfromEset()函数中文帮助文档(中英文对照)

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statisticsForPREDAfromEset(PREDA)
statisticsForPREDAfromEset()所属R语言包：PREDA

                                         function to compute a statisticsForPREDA object from an ExpressionSet object
                                         函数来计算1 statisticsForPREDA对象从ExpressionSet对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

function to compute a statisticsForPREDA object from an ExpressionSet object
函数来计算1 statisticsForPREDA对象从ExpressionSet对象


用法----------Usage----------


# statisticsForPREDAfromEset(.Object, pData_classColumn=NULL,
# statisticType=NULL, logged=TRUE, referenceGroupLabel=NULL,
# classVector=NULL, testedTail="both")

statisticsForPREDAfromEset(.Object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：.Object
Object of class ExpressionSet  
对象的类ExpressionSet


参数：...
See below     
见下文

pData_classColumn: Column from pData(.Object) containig the labels for different samples classes.   
pData_classColumn：PDATA（对象）的列containig不同的样品类的标签。

statisticType: Stastistic for differential expression that is computed on input data. Possible values are "tstatistic", "SAM" (SAM statistical score for differential expression), "FC" (Fold Change), "FCmedian" (fold change computed on medians)   
statisticType：Stastistic输入数据计算的差异表达。可能的值是“tstatistic”，“萨姆”（SAM差异表达的统计得分），“财委会”（倍数更改），“FCmedian”（中位数计算倍数变化）

logged: Logical value (default TRUE) to specify if the input data are logged (Log2). This parameter will influence the computation of statistics.   
记录：如果输入的数据记录（Log2）逻辑值（默认为true）来指定。此参数会影响统计数据的计算。

referenceGroupLabel: Specify which class label is used for the reference sample used in computing statistics for differential expression.   
referenceGroupLabel：指定用于计算统计差异表达的参考样本的类标签。

classVector: If pData_classColumn is NULL then a vector specifying the sample  classes is required and can be provided with classVector parameter   
的classVector：如果pData_classColumn为NULL，则指定样品类矢量需要，可以提供classVector参数

testedTail: Specify what tail of the distribution will be tested for significantly extreme values in PREDA analysis. Possible values are "both", "upper" or "lower". Default value is "both".      
testedTail：指定将显着极端值分布的尾部普雷达分析测试。可能的值是“既”，“上”或“低”。默认值是“两者”。


Details

详情----------Details----------

An object of class ExpressionSet is used as input and gene centered statistics for differential expression are computed on the contained data. The computed statistics are used to build a StatisticsForPREDA object
用作输入和差异表达基因中心的统计数据所包含的数据计算一个类ExpressionSet对象。计算统计数据被用来建立一个StatisticsForPREDA对象


值----------Value----------

An object of class StatisticsForPREDA
一个类StatisticsForPREDA的对象


作者（S）----------Author(s)----------



Francesco Ferrari




参见----------See Also----------

"StatisticsForPREDA"
"StatisticsForPREDA"


举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]

require(PREDAsampledata)

data(gaExpressionSetRCC)

GEstatisticsForPREDA<-statisticsForPREDAfromEset(
gaExpressionSetRCC, statisticType="tstatistic",
referenceGroupLabel="normal", classVector=sampleinfo[,"Class"])

  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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