genomePlot(PREDA)
genomePlot()所属R语言包：PREDA
draw a genome plot
绘制基因组的图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
draw a genome plot with user defined genomic regions
绘制一个用户定义的基因组区域的基因组积
用法----------Usage----------
# genomePlot(.Object, genomicRegions=NULL, draw.blocks=TRUE,
# parallel.plot=TRUE, grouping=NULL, custom.labels=NULL,
# scale.positions=NULL, qval.threshold=0.05,
# use.referencePositions=FALSE, smoothStatistic.tail=NULL,
# smoothStatistic.threshold=NULL, region.colors=NULL,
# limitChrs=NULL)
genomePlot(.Object, ...)
参数----------Arguments----------
参数：.Object
Object of class GenomicAnnotationsForPREDA, or any other class exteinding this one.
对象类GenomicAnnotationsForPREDA，或任何其他类exteinding这个。
参数：...
See below
见下文
genomicRegions: A list of GenomicRegions object containing the genomic regions to be highlighted in the plot.
genomicRegions：GenomicRegions包含对象中的图所要强调的基因组区域的列表。
draw.blocks: If TRUE genomic regions are plotted as blocks. Otherwise they are plotted as coloured ticks. Currently only draw.blocks=TRUE is implemented.
draw.blocks：如果真正的基因组区域绘制块。否则，他们绘制成彩色的刻度。目前只有draw.blocks = true时，实施。
parallel.plot: Logical, if TRUE multiple copies of each chrosomosome are drawn. In particular a number of copies equal to lnegth(grouping), if grouping is not null, or a number of copies equal to the number of GenomicRegions objects provided as input.
parallel.plot：逻辑的，如果真正的多个副本，每个chrosomosome绘制。特别是数量的副本等于给lnegth（分组），如果分组是不为空，或等于GenomicRegions对象的副本数量作为输入提供。
grouping: Vector specifying how input GenomicRegions objects will be grouped on chromosomes.
分组：向量指定如何，输入GenomicRegions对象将染色体上的分组。
custom.labels: A character to specify user defined labels for vertical axis
custom.labels：一个字符指定用户定义的垂直轴的标签
scale.positions: Parameter to set the scale for chromosomal positions (horizontal axis). Possible values are "Mb" or "Kb"
scale.positions：参数设置的染色体位置（水平轴）的规模。可能的值是“MB”或“KB”
qval.threshold: If genomicRegions is NULL, and a PREDAResults or PREDADataAndResults is provided as input, the function PREDAResults2GenomcRegions is applied with this parameter to extract significant GenomicRegions.
qval.threshold：，如果genomicRegions是NULL，和1 PREDAResults PREDADataAndResults作为输入，此参数提取显著GenomicRegions的应用功能PREDAResults2GenomcRegions。
use.referencePositions: If genomicRegions is NULL, and a PREDAResults or PREDADataAndResults is provided as input, the function PREDAResults2GenomcRegions is applied with this parameter to extract significant GenomicRegions.
use.referencePositions：，如果genomicRegions是NULL，和1 PREDAResults PREDADataAndResults作为输入，此参数提取显著GenomicRegions的应用功能PREDAResults2GenomcRegions。
smoothStatistic.tail: If genomicRegions is NULL, and a PREDAResults or PREDADataAndResults is provided as input, the function PREDAResults2GenomcRegions is applied with this parameter to extract significant GenomicRegions.
smoothStatistic.tail：如果genomicRegions是NULL，和1 PREDAResults PREDADataAndResults作为输入，功能的PREDAResults2GenomcRegions此参数适用于提取显著GenomicRegions的。
smoothStatistic.threshold: If genomicRegions is NULL, and a PREDAResults or PREDADataAndResults is provided as input, the function PREDAResults2GenomcRegions is applied with this parameter to extract significant GenomicRegions.
smoothStatistic.threshold：，如果genomicRegions是NULL，和1 PREDAResults PREDADataAndResults作为输入，此参数提取显著GenomicRegions的应用功能PREDAResults2GenomcRegions。
region.colors: Character vector specifyin the list of colors to be used for drawing each set of GenomicRegions. Mut be of length equal to the number of GenomicRegions objects provided as input.
region.colors：字符的向量specifyin被用于绘制每个组GenomicRegions的使用的颜色列表。物的长度等于GenomicRegions对象作为输入提供。
limitChrs: Numeric vector, that can be used to limit the plot to a subset of chromosomes.
limitChrs：数字向量，可以用来限制染色体的一个子集的图。
Details
详情----------Details----------
See also the PREDA tutorial vignette for more details and sample usage
也看到更多的资料和样品使用普雷达教程暗角
值----------Value----------
A plot of the genome with significant GenomicRegions
的基因显着GenomicRegions的图
作者（S）----------Author(s)----------
Francesco Ferrari
参见----------See Also----------
PREDAResults2GenomicRegions, PREDAResults, PREDADataAndResults, GenomicAnnotationsForPREDA
PREDAResults2GenomicRegions，PREDAResults，PREDADataAndResults，GenomicAnnotationsForPREDA
举例----------Examples----------
## See PREDA tutorial vignette for some examples[＃见一些例子普雷达教程暗角]
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-26 11:21:45
