R语言 PREDA包 computeDatasetSignature()函数中文帮助文档(中英文对照)

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computeDatasetSignature(PREDA)
computeDatasetSignature()所属R语言包：PREDA

                                         Function to compute dataset signature for recurrent significant genomic regions
                                         函数来计算经常显着的基因组区域的数据集签名

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to compute dataset signature for recurrent significant genomic regions
函数来计算经常显着的基因组区域的数据集签名


用法----------Usage----------


# computeDatasetSignature(.Object, genomicRegionsList=genomicRegionsList,
# multTestCorrection="fdr", signature_qval_threshold=0.05,
# returnRegions=TRUE, use.referencePositions=TRUE)

computeDatasetSignature(.Object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：.Object
Object of class GenomicAnnotationsForPREDA  
对象的类GenomicAnnotationsForPREDA


参数：...
See below     
见下文

genomicRegionsList: List of genomicRegions objects for which the recurrent overlapping regions will be evaluated   
genomicRegionsList：为genomicRegions经常重叠区域将被评估的对象名单

multTestCorrection: Multiple testing correction that will be adopted to correct the statistic p-values. Possible values are "fdr", for benjamini and Hochberg multiple testing correction and "qvalue" for p-values correction performed with qvalue package.   
multTestCorrection：多个测试校正，将会采取什么措施来纠正统计p值。可能的值是“FDR”，为benjamini和Hochberg多个测试校正和与qvalue包执行的P-值校正的“qvalue”。

signature_qval_threshold: Threshold used to select significant regions resulting from the dataset signature statistic   
signature_qval_threshold：阈值用来选择集签名统计的重要区域

returnRegions: Logical, if TRUE (default) the genomic regions constituting the daaset signature are returned, otherwise a PREDAresults object containing dataset signature statistics is returned.   
returnRegions：逻辑，如果为TRUE（默认）的基因组区域构成daaset签名返回，否则PREDAresults集签名统计对象，其中包含返回。

use.referencePositions: Logical, if TRUE the input reference positions used for PREDA analysis wil be used to identify significant genomic regions boundaries as well.      
use.referencePositions：逻辑，如果真正用于普雷达分析WIL输入参考位置被用来确定以及显著的基因组区域的边界。


Details

详情----------Details----------

The function adopts a binomial test to identify significant recurrence of genomic regions across multiple dataset sampels.
该功能采用了二项式测试，以确定多个集sampels的基因组区域的显着复发。


值----------Value----------

A GenomicRegions object (if returnRegions = TRUE) or a PREDAresults object containing dataset signature statistics (if returnRegions = FALSE)
一个GenomicRegions对象的（如果returnRegions = TRUE）或PREDAresults的对象，其中包含的数据集签名统计（如果returnRegions = FALSE时）


作者（S）----------Author(s)----------



Francesco Ferrari




参见----------See Also----------

GenomicRegions, PREDAResults
GenomicRegions，PREDAResults


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]

  require(PREDAsampledata)
  data(SODEGIRCNanalysisResults)
  data(GEDataForPREDA)

  SODEGIR_CN_GAIN<-PREDAResults2GenomicRegions(
  SODEGIRCNanalysisResults, qval.threshold=0.01,
  smoothStatistic.tail="upper", smoothStatistic.threshold=0.1)


  CNgain_signature<-computeDatasetSignature(GEDataForPREDA,
  genomicRegionsList=SODEGIR_CN_GAIN)

  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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