R语言 ppiStats包 estimatePPIErrorRates()函数中文帮助文档(中英文对照)

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estimatePPIErrorRates(ppiStats)
estimatePPIErrorRates()所属R语言包：ppiStats

                                        Estimate false positive and false negative error probabilities
                                         估计假阳性和假阴性的错误概率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate false positive and false negative error probabilities for direct protein interactions using a protein interaction graph
假阳性和假阴性的错误概率估计直接蛋白相互作用的蛋白质相互作用图


用法----------Usage----------


estimatePPIErrorRates(matList,GSPos=NULL,GSNeg=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：matList
A named list of list. The names corresponds to a particular publication. Each element of the top list is a list of two matrices: 1. The adjacency matrix of the positive interaction datapoints. 2. The adjacency matrix of the tested interaction datapoints. The dimension names of these two matrices should be identical (an error will be thrown if this is not the case) where the rows are indexed by the bait proteins and the columns are indexed by the prey. The adjacency matrices are 0,1 matrices where an 1 entry signifies either a positive interaction relationship or a positive tested relationship. A 0 entry is then well defined.           
命名的列表列表。名称对应到一个特定的出版物。顶部的列表中的每个元素是两个矩阵的列表：1。的良性互动数据点的邻接矩阵。 2。测试的互动数据点的邻接矩阵。这两个矩阵维度的名称应该是相同的（如果不是这样的情况，将抛出一个错误）的行的索引诱饵蛋白和猎物索引列。邻接矩阵是一个1项，标志着一个良性互动关系，或正测试关系的0,1矩阵。 0项，然后明确界定。


参数：GSPos
A positive gold standard protein interaction graph given by its adjacency matrix. The dimension names of this matrix must be the same identifying system used for the dimension names for the matrices found within the matList parameter. An entry of one in this matrix indicates a positive interaction while an entry of zero is inconclusive.
由它的邻接矩阵的一个积极的黄金标准蛋白质相互作用图。这个矩阵维度的名称必须是发现内matList参数的矩阵的维度名称中使用相同的识别系统。在这个矩阵的一个条目表示了积极的互动，而零的条目是决定性的。


参数：GSNeg
A negative gold standard protein interaction graph given by its adjacency matrix. The dimension names of this matrix must be the same identifying system used for the dimension names for the matrices found within the matList parameter. An entry of one in this matrix indicates a negative interaction while an entry of zero is inconclusive.
其邻接矩阵负金标准蛋白质相互作用图。这个矩阵维度的名称必须是发现内matList参数的矩阵的维度名称中使用相同的识别系统。在这个矩阵中的条目表示一个负的相互作用，而零的条目是不确定的。


Details

详情----------Details----------

The model is described in the manuscript Estimating node degree in bait-prey graphs. by D. Scholtens et al.
该模型描述的手稿估计诱饵捕食图的节点度。 D. Scholtens等。


值----------Value----------

A matrix.
矩阵。

The return value is an kx2 matrix where k is the length of matList. The first colum returns the estimated false positive error rates and the second column returns the estimated false negative error rates.
返回值是一个KX2矩阵，其中k是的matList长度。第一科拉姆返回估计假阳性错误率和第二列返回估计假阴性的错误率。


作者（S）----------Author(s)----------


T. Chiang and L. Wang



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


load(system.file("extdata", "intacty2hppMatrix.rda", package="ppiStats"))
load(system.file("extdata", "PPIpos", package="ppiStats"))
x = intacty2hppMatrix[c("EBI-389903","EBI-783101")]
estimatePPIErrorRates(x, GSPos=PPIpos)

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