R语言 ppiStats包 estimateCCMErrorRates()函数中文帮助文档(中英文对照)

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estimateCCMErrorRates(ppiStats)
estimateCCMErrorRates()所属R语言包：ppiStats

                                        Estimate false positive and false negative error probabilities
                                         估计假阳性和假阴性的错误概率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate false positive and false negative error probabilities for complex comembership edges using a protein complex interactome
估计复杂comembership边缘的假阳性和假阴性的错误概率，使用复杂的蛋白质相互作用组


用法----------Usage----------


estimateCCMErrorRates(m,GS,filterSystematic=TRUE,       
         obsPropThresh=1,SystematicpThresh=.01)



参数----------Arguments----------

参数：m
The bait to prey data adjacency matrix. Baits index the rows and prey index the columns.
猎物数据的邻接矩阵的诱饵。毒饵指数行和猎物索引的列。


参数：GS
A gold standard protein complex interaction incidence matrix. Proteins index the rows and protein complexes index the columns.  
黄金标准蛋白复合物相互作用的关联矩阵。蛋白质指数的行和蛋白质复合物的索引列。


参数：filterSystematic
A logical. If TRUE, all baits with with highly uneven directed degree will be filtered out of the data.
一个逻辑。如果为TRUE，将过滤掉所有毒饵与高度不均的指示程度的数据。


参数：obsPropThresh
A numeric between 0 and 1. The proportion of tested proteins found within a protein complex needed to keep that protein complex within the gold standard set.
一个数字0和1之间。测试蛋白质的比例需要保持在黄金一套标准，蛋白复合物的蛋白复合物内发现。


参数：SystematicpThresh
A numeric between 0 and 1. The p-value threshold by which systematic errors are filtered.
一个数字0和1之间。 p值阈值系统误差进行过滤。


Details

详情----------Details----------

The model is described in the manuscript Estimating node degree in bait-prey graphs. by D. Scholtens et al.
该模型描述的手稿估计诱饵捕食图的节点度。 D. Scholtens等。


值----------Value----------

A list:
一个列表：


参数：globalpTP
A numeric between 0 and 1.  Estimate of pTP.
一个数字0和1之间。 PTP的估计。


参数：globalpTPSE
A numeric.  Estimate of standard error of globalpTP estimate.
一个数字。 globalpTP估计标准误差的估计。


参数：globalpFP
A numeric between 0 and 1.  Estimate of pFP.
一个数字0和1之间。亲民党的估计。


参数：pTP95CI
A vector of length 2.  95 percent confidence interval upper and lower bounds for globalpTP estimate.
一个长度为2的向量。 95％置信区间的上限和下限globalpTP估计。


参数：pFP95CI
A vector of length 2.  95 percent confidence interval upper and lower bounds for globalpFP estimate.
一个长度为2的向量。 95％置信区间的上限和下限globalpFP估计。


参数：nEligComplexes
A numeric.  Number of complexes from GS that met obsPropThresh criteria.
一个数字。从GS复合物符合obsPropThresh标准的数量。


参数：nEligBaits
A numeric. Total number of eligible baits in GS set.
一个数字。资格诱饵在GS集的总数。


参数：nEligEdges
A numeric.  Total number of eligible edges in GS set.
一个数字。在GS组的资格边缘的总数。


参数：nBaitsInComplexes
A vector.  Number of baits in each eligible complex.
一个向量。数量在每个符合条件的复杂的诱饵。


参数：complexSizes
A vector. Size of each complex in GS set.
一个向量。每个在GS一套复杂的大小。


作者（S）----------Author(s)----------


T. Chiang and D. Scholtens



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


data(Ho2002BPGraph)
data(ScISIC)
Ho2002mat = as(Ho2002BPGraph,"matrix")
estimateCCMErrorRates(Ho2002mat,ScISIC)$globalpTP

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