estErrProbMethodOfMoments(ppiStats)
estErrProbMethodOfMoments()所属R语言包:ppiStats
Estimate false positive and false negative error probabilities
估计假阳性和假阴性的错误概率
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Estimate false positive and false negative error probabilities
估计假阳性和假阴性的错误概率
用法----------Usage----------
estErrProbMethodOfMoments(nint, nrec, nunr, ntot)
参数----------Arguments----------
参数:nint
Integer vector. True number of interactions. Typically, the function is called for a range of these, returning all possible solutions for that range.
整数向量。真正的数字互动。通常情况下,该功能被称为这些范围,返回该范围内所有可能的解决方案。
参数:nrec
Integer scalar. Observed number of reciprocated edges.
整数的标量。投桃报李边缘观察到的数量。
参数:nunr
Integer scalar. Observed number of unreciprocated edges.
整数的标量。观察数unreciprocated边缘。
参数:ntot
Integer scalar. Number of proteins which were tested twice (e.g. both as viable bait and as viable prey).
整数的标量。进行两次(例如,作为可行的诱饵和可行的猎物)的蛋白质的数量。
Details
详情----------Details----------
The model is described in the vignette Stochastic and systematic errors in PPI data, by looking at unreciprocated in- or out-edges by W. Huber, T. Chiang and R. Gentleman.
模型中描述的小品文随机和PPI数据的系统误差,通过寻找在unreciprocated,或由T.江和河君子·胡贝尔,出边。
值----------Value----------
Matrix with 5 columns nint (a copy of the input argument), pfp1, pfn1, pfp2 and pfn2, and as many rows as the length of nint.
5列的矩阵nint(输入参数的副本),pfp1,pfn1,pfp2和pfn2,长度多行nint。
作者(S)----------Author(s)----------
Wolfgang Huber <a href="http://www.ebi.ac.uk/huber">http://www.ebi.ac.uk/huber</a>
举例----------Examples----------
est = estErrProbMethodOfMoments(nint=seq(8000, 40000, by=100), nrec=9722, nunr=15856, ntot=2000)
if(interactive()) {
plot(est[, c("pfp2", "pfn2")], type="l", col="blue", lwd=2,
xlab=expression(p[FP]), ylab=expression(p[FN]))
abline(h=0, v=0, lty=2)
}
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