R语言 ppiStats包 assessSymmetry()函数中文帮助文档(中英文对照)

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assessSymmetry(ppiStats)
assessSymmetry()所属R语言包：ppiStats

                                        A function that calcualtes some directed degree statistics on
                                         函数calcualtes一些定向的程度统计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes in a bait to prey protein-protein interaction graph (undirected) and calculates the reciprocated degree, the unreciprocated in and out degrees. Using this information and binomial error model, it asses the p-value for the in and out degree of each protein. Lastly, it plots the countour curves for these p-values
此功能需要在诱饵捕食蛋白质相互作用图（无向）和计算投桃报李度，出度和unreciprocated。使用这些信息和二项式误差模型，驴，每个蛋白质和出度为p值。最后，它图p值countour曲线


用法----------Usage----------


assessSymmetry(bpMat, bpGraph = FALSE,
  prob=0.5, pLevels = 1e-4)



参数----------Arguments----------

参数：bpMat
Either a bait to prey directed graphNEL or its corresponding adjacency matrix.
无论是猎物的诱饵定向graphNEL或其相应的邻接矩阵。


参数：bpGraph
A logical. If TRUE, than bpMat is passed in by the user as a graphNEL.
一个逻辑。如果是TRUE，比bpMat是通过在作为graphNEL的用户。


参数：pLevels
A numeric vector. It gives the levels to calculate the countours of the function in p in the (n-in, n-out)-plane
一个数字的向量。它给人的水平计算在P（N，N-出）平面功能countours的


参数：prob
A numeric. The bias of the coin used in the function pbinom call.                
一个数字。在用于功能pbinom呼叫硬币的偏见。


值----------Value----------

A list:
一个列表：


参数：deg
A 3xn matrix. The rows are indexed by each protein. Column one gives the number of reciprocated edges; column two gives the number of unreciprocated out edges; colunm three gives the number of unreciprocated in-edges
3XN矩阵。每个蛋白质的行的索引。列一个给的投桃报李边数第二列给出的unreciprocated出边数; colunm三给出了边的数量unreciprocated


参数：p
The p-value for each protein with experimental in and out degrees
每个实验的蛋白质和出度的p值


参数：countours
The countours as a function of p
作为p的函数的countours


作者（S）----------Author(s)----------


W Huber



举例----------Examples----------


library(ppiData)
assessSymmetry(Ito2001BPGraph, bpGraph=TRUE)

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