R语言 plw包 logitT()函数中文帮助文档(中英文对照)

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logitT(plw)
logitT()所属R语言包：plw

                                        logit-t and t-test by row
                                         罗吉特-t和t-检验按行

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Functions for the logit-t test (Lemon et al. 2003) and the ordinary t-test computed for each row of an matrix.
罗吉特-t检验（柠檬等，2003）和普通的t-检验计算一个矩阵的每一行的功能。


用法----------Usage----------



logitTTransform(pm)
logitTStat(affy.batch,group)
studenttTTest(x, group)




参数----------Arguments----------

参数：pm
A matrix of Pm intensities
一个下午的强度矩阵


参数：affy.batch
An AffyBatch object
一个AffyBatch对象


参数：group
A group indicator vector, should have values 1 and 2 only.
A组指标向量，应该有值1和2只。


参数：x
A matrix
矩阵


Details

详情----------Details----------

See the definition (R-code) of each function for details.
看到每个细节的功能定义（R代码）。


值----------Value----------

logitTTransform returns a matrix
logitTTransform返回一个矩阵

logitTStat returns a vector with the logit-t statistic for each probe set.
logitTStat返回每个探针集罗吉特t统计量的向量。

studenttTTest returns a vector with t-statistic for each row of x.
studenttTTest返回x的每一行向量t-统计。


作者（S）----------Author(s)----------


Magnus <i>A</i>strand



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


# ------------------------------------------[------------------------------------------]
# Example analyzing the 6 arrays in the [在6阵列为例分析]
# AffySpikeU95Subset data set[AffySpikeU95Subset数据集]

# Loading the data[加载数据]
data(AffySpikeU95Subset)

# Vector with groups assignment [向量组分配]
group<-factor(rep(1:2,each=3))

# logit-T statistic[罗吉特-T统计]
logitT<-logitTStat(AffySpikeU95Subset,
                   as.numeric(group))

# Computing RMA expression index[计算RMA的表达指数]
data.rma<-exprs(rma(AffySpikeU95Subset))


# Ordinary t-test by row/gene[普通的t检验行/基因]
studentT<-studenttTTest(data.rma, as.numeric(group))

# Comparing genes ranked top-20[比较基因排名前20名]
logitTTop20  <- rank(-abs(logitT)) < 21
studentTTop20<- rank(-abs(studentT)) < 21
table(logitTTop20,studentTTop20)


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