R语言 plateCore包 summaryStats()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

summaryStats(plateCore)
summaryStats()所属R语言包：plateCore

                                         Compute summary statistics on a flowPlate
                                         汇总统计计算上flowPlate

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function computes the median fluorescence intensity (MFI) and the MFI ratio (ratio of test well MFI to negative control MFI) for each well/channel in a flowPlate. The predicted percent positive (Predict.PP) and gate score (Gate.Score) come from a robust logistic regression of the MFI ratio to either the percentage of positive cells or the actual count of positive cells. Predict.PP is the estimated percent positive based on the MFI ratio and Gate.Score is the number of standardized residuals the sample data point is away from the best fit line. The glmrob function from the robustbase package is used for the regression. Results from summaryStats are stored in the wellAnnotation data.fame.
此函数计算平均荧光强度（MFI）和小额信贷机构的比例（比例测试以及小额信贷机构的负面控制小额信贷机构），以及每个flowPlate/通道。来自小额信贷机构比一个强大的logistic回归预测％阳性（Predict.PP）和门得分（Gate.Score）阳性单元百分比或实际计数阳性单元。 Predict.PP是估计正基于小额信贷机构的比例和Gate.Score％是标准化残差的样本数据点是远离最佳拟合线的数量。用于回归glmrob从robustbase包函数。从summaryStats结果存储在wellAnnotation data.fame。


用法----------Usage----------


summaryStats(data, Events="Percentage", ...)



参数----------Arguments----------

参数：data
A flowPlate  
一个flowPlate


参数：Events
The robust logistic regression can be performed using either  the percentage of events above the negative control gate ("Percentage") or the actual number of events above the gate ("Actual").  
强劲的logistic回归可以使用的百分比高于阴性对照门事件（“百分比”），或以上门事件的实际人数（“实际”）。


参数：...
optional arguments
可选参数


值----------Value----------

Returns a flowPlate
返回flowPlate


作者（S）----------Author(s)----------


Errol Strain



举例----------Examples----------


library(plateCore)
data(plateCore)

## Get the lymphocytes[＃获取淋巴单元]
rectGate <- rectangleGate("FSC-H"=c(300,700),"SSC-H"=c(50,400))
pbmcPlate <- Subset(pbmcPlate, rectGate)

# Create a flowPlate from the sample data in plateCore[从在plateCore的样本数据，创建1 flowPlate]
fp <- flowPlate(pbmcPlate,wellAnnotation,plateName="P1")

# Create a set of negative control gates and then apply them[创建了一套负控制闸门，然后将它们应用]
fp <- setControlGates(fp,gateType="Negative.Control")
fp <- applyControlGates(fp,gateType="Negative.Control")

# Compute summary statistics[计算汇总统计]
fp <- summaryStats(fp)

# There should now be MFI and MFI.ratio columns in the wellAnnotation[现在应该有MFI和MFI.ratio列在wellAnnotation的]
head(wellAnnotation(fp))


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