R语言 pint包 window()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

window(pint)
window()所属R语言包：pint

                                         Form data with a selected window size for the model fitting
                                         选择一个模型拟合窗口大小的表单数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Forms a chosen window of two data matrices to use for fit.dependency.model either iteratively picking nearest genes or picking same number of genes from both directions. sparse.window forms a window around one sample in the first data set with a number of samples from the second data set.
形成了两个数据矩阵选择窗口，使用fit.dependency.model要么反复挑选最接近基因或采摘从两个方向相同数量的基因。 sparse.window形成围绕一个样本，从第二个数据集的样本数量设置的第一个数据窗口。


用法----------Usage----------


fixed.window(X, Y, middleIndex, windowSize)
iterative.window(X, Y, middleIndex, windowSize)
sparse.window(X, Y, xIndex, windowSize)



参数----------Arguments----------

参数：X
First data set. In sparse.window windows will be formed around each sample in this data set.  
第一个数据集。在sparse.window窗口将每个样品周围形成，在这组数据。


参数：Y
Second data set.  
第二个数据集。


参数：middleIndex
Index of middle position for window.  
窗口中间位置的索引。


参数：xIndex
Index of middle position in X for window.  
指数X窗口的中间位置。


参数：windowSize
Number of genes in window. In sparse.window X has always one sample in window.  
窗口中的基因数目。在sparse.windowX窗口始终有一个样本。


Details

详情----------Details----------

Window contains windowSize nearest genes. Warning is given if windowSize genes is not found in the same chromosomal arm. Data of both data sets is normalised so that each genes data has zero mean.
窗口包含windowSize最近的基因。没有发现在相同的染色体臂如果windowSize基因发出警告。两个数据集的数据标准化，使每个基因数据具有零均值。


值----------Value----------

List of window data:
列表窗口的数据：


参数：X
window of the first data set
第一个数据集的窗口


参数：Y
window of the second data set
第二个数据集的窗口


参数：loc
location of gene
基因的位置


参数：geneName
name of the gene
基因名称


参数：edge
logical; TRUE if iteration to one direction has stopped because edge of data in chromosomal arm has been found.
逻辑TRUE，如果向一个方向迭代已经停止，因为已发现染色体臂中的数据的边缘。


参数：fail
logical; TRUE if chromosomal arm contains less than windowSize genes.
逻辑TRUE，如果染色体臂包含比windowSize基因的少。


作者（S）----------Author(s)----------



Olli-Pekka Huovilainen <a href="mailtohuovila@gmail.com">ohuovila@gmail.com</a>




参见----------See Also----------

Dependency model fitting: fit.dependency.model
依赖模型拟合：fit.dependency.model


举例----------Examples----------


data(chromosome17)
window <- iterative.window(geneExp, geneCopyNum, 30, 10)
model <- fit.dependency.model(window$X, window$Y)

# Conversion from DependencyModel to GeneDependencyModel so that gene name and location can be stored[因此该基因的名称和位置可以存储的转换从DependencyModel到GeneDependencyModel]
model <- as(model,"GeneDependencyModel")
setGeneName(model) <- window$geneName
setLoc(model) <- window$loc
model

window <- fixed.window(geneExp, geneCopyNum, 10, 10)
model <- fit.dependency.model(window$X, window$Y)
model

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