model.pickgene(pickgene)
model.pickgene()所属R语言包:pickgene
Create Model Matrix for Orthogonal Contrasts
创建模型矩阵的正交对比
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The function created a model matrix of orthogonal contrasts to be used by pickgene.
该函数创建了一个被pickgene使用的正交对比模型矩阵。
用法----------Usage----------
model.pickgene(faclevel, facnames = letters[seq(length(faclevel))],
contrasts.fac = "contr.poly", collapse = "+", show =
NULL, renorm = 1, modelexpr = formula(paste("~",
paste(facnames, collapse = collapse))),
contrasts.list = contr.list)
参数----------Arguments----------
参数:faclevel
vector with number of levels for each factor
每个因子级别数向量
参数:facnames
vector of factor names (default = "a", "b", ...)
矢量要素名称(默认=“A”,“B”,...)
参数:contrasts.fac
vector of contrast types
相反类型的向量
参数:collapse
"+" for additive model, "*" for full model with interactions
“+”为加法模型,“*”与互动模式
参数:show
vector of contrast numbers to show (default is all)
向量的对比数字显示(默认为全部)
参数:renorm
vector to renormalize contrasts (e.g., use sqrt(2) to turn two-condition contrast into fold change)
向量renormalize反差(例如,使用sqrt(2)倍的变化变成两个条件相反)
参数:modelexpr
model formula
模型公式
参数:contrasts.list
list of contrasts indexed by facnames
列表facnames索引的对比
Details
详情----------Details----------
Creates a model matrix data frame with first column having all 1's and other columns having contrasts.
创建一个模型矩阵的第一列的数据框所有1和其他列有反差。
值----------Value----------
Result of call to model.matrix
结果调用到model.matrix
作者(S)----------Author(s)----------
Brian Yandell
参见----------See Also----------
model.matrix
model.matrix
举例----------Examples----------
model.pickgene(c(2,3), c("sex","genotype"))
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