R语言 pickgene包 em.ggb()函数中文帮助文档(中英文对照)

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em.ggb(pickgene)
em.ggb()所属R语言包：pickgene

                                        EM calculation for Gamma-Gamma-Bernoulli Model
                                         EM计算γ-γ-Bernoulli模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function plots contours for the odds that points on microarray show differential expression between two conditions (e.g. Cy3 and Cy5 dye channels on the same microarray).
函数曲线轮廓的微阵列点的赔率显示两个条件（如Cy3和Cy5染料在同一芯片渠道）之间的差异表达。


用法----------Usage----------


em.ggb(x, y, theta, start = c(2,1.2,2.7), pprior = 2,
  printit = FALSE, tol = 1e-9, offset = 0 )



参数----------Arguments----------

参数：x
first condition expression levels
第一个条件表达水平


参数：y
second condition expression levels
第二个条件表达水平


参数：theta
four parameters a,a0,nu,p
四个参数a,a0,nu,p


参数：start
starting estimates for theta
开始估计THETA


参数：pprior
Beta hyperparameter for prob p of differential expression  
聊天hyperparameter概率p差异表达


参数：printit
print iterations if TRUE
如果为TRUE打印迭代


参数：tol
parameter tolerance for convergence
收敛的参数公差


参数：offset
offset added to xx and yy before taking log (can help with negative adjusted values)
抵消添加到log之前，XX和YY（负调整值可以帮助）


Details

详情----------Details----------

Fit Gamma/Gamma/Bernoulli model (equal marginal distributions) The model has spot intensities x ~ Gamma(a,b); y ~ Gamma(a,c). The shape parameters b and c are ~ Gamma(a0,nu). With probability p, b = c; otherwise b != c. All spots are assumed to be
适合伽马/伽玛/伯努利模型（等于边际分布）模型有现货强度X~伽玛（A，B）; Y~伽玛（A，C）。形状参数b和c~伽玛（A0，NU）。以概率p，B = C;否则B = C。所有的点都被假定为


值----------Value----------

Four parameter vector theta after convergence.
四个参数向量theta后收敛。


作者（S）----------Author(s)----------


Michael Newton



参考文献----------References----------

Tsui (2000) “On differential variability of expression ratios: improving statistical inference about gene expression changes from microarray data,” J Computational Biology 00: 000-000.

参见----------See Also----------

oddsplot
oddsplot


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
em.ggb( x, y )


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