R语言 phenoDist包 PDMByFactorAnalysis()函数中文帮助文档(中英文对照)

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PDMByFactorAnalysis(phenoDist)
PDMByFactorAnalysis()所属R语言包：phenoDist

                                         Calculate phenotypic distance matrix by factor analysis
                                         通过因子分析计算表型的距离矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function transforms the cell features by factor analysis and computes the phenotypic distance matrix.
此功能转换单元的功能，通过因子分析和计算表型的距离矩阵。


用法----------Usage----------



PDMByFactorAnalysis(x, unames, selectedCellFtrs, distMethod=c('manhattan','euclidean', 'correlation','mahalanobis'), nFactors, scores=c('regression','Bartlett'), ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An imageHTS object.
imageHTS对象。


参数：unames
A character vector, containing the well names from where to collect the cell features. See getUnames for details.
一个特征向量，包含从哪里收集单元功能的好名字。看到getUnames详情。


参数：selectedCellFtrs
A character vector for cell features to be used in the calculation. If missing, all features are used.
用于计算单元功能的一个特征向量。如果缺少，使用所有功能。


参数：distMethod
A character string indicating which distance method should be used. This must be (an abbreviation of) one of the strings 'manhattan', 'euclidean', 'correlation' or 'mahalanobis'.
应使用一个字符串，指示哪个距离的方法。这必须是（缩写）“曼哈顿”，“欧几里得”，“相关”或“马氏”的字符串之一。


参数：nFactors
An integer scalar for the number of factors.
一个因素数量的整数标。


参数：scores
A character string indicating the type of scores to be reported by factor analysis. This must be (an abbreviation of) one of the strings 'regression' or 'Bartlett'.
一个字符串，表示因素分析报告的分数。这必须是（缩写）字符串回归或巴特利特之一。


参数：...
Additional arguments to be passed to the factanal function of the stats pacakge.
额外的参数将被传递给factanalpacakge功能stats。


Details

详情----------Details----------

This function first collects individual cell features in all wells (which could be time and memory consuming), performs factor analysis on cell features and transforms cell features into a certain number of factors, and then the factors are averaged by well and passed to PDMByWellAvg to calculate the phenotypic distance matrix.
这个函数首先收集所有井（这可能是时间和内存消耗）的单个单元的功能，执行单元功能的因素分析，并转换成单元功能的若干因素，然后平均的因素和传递PDMByWellAvg来计算的表型的距离矩阵。


值----------Value----------

A symmetric distance matrix with dimensions equaling to the length of unames.
具有相当于的unames长度尺寸的对称距离矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


Xian Zhang



参见----------See Also----------

factanal, PDMByWellAvg
factanal，PDMByWellAvg


举例----------Examples----------


  library('phenoDist')

  ## load the imageHTS object[＃加载imageHTS对象。]
  load(system.file('kimorph', 'kimorph.rda', package='phenoDist'))
  x@localPath <- file.path(tempdir(), 'kimorph')
  
  ## segmentation and feature extraction[＃分割和特征提取]
  unames <- setdiff(getUnames(x), getUnames(x, content='empty'))

  ## calculate pair-wise svm distance matrix[＃计算成对SVM距离矩阵]
  load(system.file('kimorph', 'selectedFtrs.rda', package='phenoDist'))
  pdm <- PDMByFactorAnalysis(x, unames=getUnames(x, plate=1, row=2:3, col=3), selectedCellFtrs, distMethod='euclidean', nFactors=10, scores='regression')
  pdm

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