R语言 phenoDist包 distToNeg()函数中文帮助文档(中英文对照)

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distToNeg(phenoDist)
distToNeg()所属R语言包：phenoDist

                                         distToNeg
                                         distToNeg

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

From a pair-wise distance matrix, this function extracts the corresponding distance between a sample and negative controls.
此功能从成对距离矩阵，提取相应的样品和阴性对照组之间的距离。


用法----------Usage----------


distToNeg(x, distMatrix, neg='rluc')



参数----------Arguments----------

参数：x
An imageHTS object  
imageHTS对象


参数：distMatrix
A pair-wise distance matrix, as generated by PDMBySvmAccuracy.
成对的距离矩阵，生成PDMBySvmAccuracy。


参数：neg
A character string to identify negative controls.
一个字符串，以确定阴性对照。


Details

详情----------Details----------

This function averages the distance measurements between the sample and all negative controls on the same plate.
此功能之间对同一板块的所有样品和阴性对照的平均距离测量。


值----------Value----------

A numeric vector with length equal to the dimension of the distance matrix.
一个数值向量长度相等的距离矩阵的维。


作者（S）----------Author(s)----------


Xian Zhang



参见----------See Also----------

PDMBySvmAccuracy
PDMBySvmAccuracy


举例----------Examples----------



  library('phenoDist')

  ## load the imageHTS object[＃加载imageHTS对象。]
  load(system.file('kimorph', 'kimorph.rda', package='phenoDist'))
  x@localPath <- file.path(tempdir(), 'kimorph')

  ## load sample phenotypic distance matrix[＃加载示例表型的距离矩阵]
  load(system.file('kimorph', 'svmAccPDM_Pl1.rda', package='phenoDist'))

  ## replicate ranking[＃复制排名]
  ranking <- repDistRank(x, distMatrix=svmAccPDM_Pl1)
  summary(ranking)

  ## phenotypic distance to negative control[＃表型距离阴性对照]
  pheno <- distToNeg(x, distMatrix=svmAccPDM_Pl1, neg='rluc')

  ## separation between negative and positive controls[＃阴性和阳性对照之间的分离]
  ctlSeparatn(x, pheno, neg='rluc', pos='ubc', method='robust')

  ## replicate correlation coefficient[＃复制相关系数]
  repCorr(x, pheno)

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