R语言 PGSEA包 smcPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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smcPlot(PGSEA)
smcPlot()所属R语言包：PGSEA

                                         Plot PGSEA results
                                         图PGSEA结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This basic function will plot results from PGSEA with easy altering of margins, colors, and text.
这将绘制的基本功能容易改变边距，颜色，文字PGSEA结果。


用法----------Usage----------


smcPlot(m, ff = NULL, skip = "NO", scale = c(-3, 3), na.color = par("bg"), margins = NULL, r.cex = NULL, c.cex = NULL, show.grid = F, cnames = TRUE, rnames = TRUE, grid.lty = 3, clust = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：m
matrix - your results from PGSEA (or any other numeric matrix of data)
矩阵 - 从PGSEA结果（或任何其他数字数据矩阵）


参数：ff
factor - this factor corresponds to the subtypes of your samples and will control the column names
因素 - 这个因素对应样品的亚型，将控制列名


参数：skip
character - which subtype(s) to skip from "ff"
字符 - 这亚型（S）跳到“FF”


参数：scale
vector, length 2 - this vector sets the minimum and maximum values for the graph scale (at bottom of plot)
向量，长度为2  - 此向量图规模设置的最低和最高值（底部积）


参数：na.color
character - color to display in the result of an NA
字符 - 颜色显示在一个无结果


参数：margins
vector, length 4 - this vector gives the expansion values for the margins
向量，长度为4  - 此向量给出的边缘扩展值


参数：r.cex
numeric - number giving the amount by which row names should be scaled relative to the default
数字 - 给予行名称相对应扩大到默认的金额


参数：c.cex
numeric - number giving the amount by which column names should be scaled relative to the default
数字 - 给予量应扩大列名相对于默认


参数：show.grid
boolean - show grid outlines within plot?
布尔 - 显示网格概述内积？


参数：cnames
boolean or character - vector of alternative column names
布尔值或字符 - 矢量替代列名


参数：rnames
boolean or character - vector of alternative row names
布尔值或字符 - 矢量替代的行名


参数：grid.lty
numeric - line type of the grid lines
数字 - 线式的网格线


参数：clust
boolean - want to cluster?
布尔 - 想聚类？


参数：...
additional graphical parameters passed along to the plotting function  
额外的图形参数传递给绘图功能


作者（S）----------Author(s)----------


Karl Dykema <karl.dykema@vai.org>



举例----------Examples----------



library(PGSEA)
datadir <- system.file("extdata", package = "PGSEA")
sample <- readGmt(file.path(datadir, "sample.gmt"))
data(nbEset)

pg <- PGSEA(nbEset,cl=sample,ref=1:5)
sub <- factor(c(rep(NA,5),rep("NeuroB",5),rep("NeuroB_MYC+",5)))

smcPlot(pg,sub,scale=c(-10,10),col=.rwb,margins=c(1,1,8,13))


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