R语言 PGSEA包 PGSEA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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PGSEA(PGSEA)
PGSEA()所属R语言包：PGSEA

                                        Parametric Gene Set Enrichment Analysis
                                         参数基因组富集分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This package contains functions for an exploratory parametric analysis of gene expression data. This type of analysis can assist in determining of lists of genes, such as those deregulated in defined experimental systems, are similarly deregulated in other data sets.
这个套件包含的参数为探索基因表达数据分析的功能。这种类型的分析可以帮助确定名单的基因，如那些放松管制的实验系统中定义，也同样在其他数据集放开。

This function subsets the data based on lists of genes, computes a summary statistic for each gene list, and returns the results in a convenient form.
此功能子集为基础的基因名单上的数据，计算每个基因名单汇总统计，并在方便的形式返回结果。


用法----------Usage----------


PGSEA(exprs, cl, range = c(25, 500), ref = NULL, center = TRUE, p.value = 0.005, weighted = TRUE, enforceRange=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：exprs
matrix expression data, a numeric matrix, eSet, or ExpressionSet  
表达数据矩阵，数字矩阵，ESET，或ExpressionSet


参数：cl
gene set list - "GeneSetCollection" or list of "SMC" objects   
基因组名单 - 的“GeneSetCollection”或“校董会”对象名单


参数：range
a 2 element vector describing the min and max length of concepts to analyze   
2元矢量描述的最小和最大长度概念来分析


参数：enforceRange
boolean - if TRUE, the expression matrix must contain data for the proper number of genes as set by the range argument to return a significant result. (this argument is used for data that contains NA's...)  
布尔 - 如果为true，必须包含适当数量的设置范围参数，返回一个显着的结果基因表达矩阵数据。 （此参数用于数据包含NA的...）


参数：ref
a vector containing the index of reference samples from which to make comparisons. Defaults to NULL (internally referenced samples)  
矢量指数的参考样本，从中进行比较。默认为空（内部参考样本）


参数：center
boolean - median center gene expression matrix columns prior to analysis. Can be helpful if 'ref' is used  
布尔 - 中位数中心基因表达分析矩阵列前。可以是有益的，如果使用REF


参数：p.value
numeric p.value threshold or NA to return all data or TRUE to return a matrix of p.values  
数字p.value阈值或NA返回的所有数据或TRUE返回的p.values矩阵


参数：weighted
boolean - weight results by the size of each gene list  
布尔 - 重结果，每个基因列表的大小


参数：...
extra arguments passed along to FUN  
额外的参数一起传递到有趣


Details

详情----------Details----------

Gene expression values are separated into subsets based on the lists of genes contained in the cl argument. This can be a "GeneSetCollection" or a list of "SMC" (Simple Molecular Concept) objects. For example, readGmt can be used to produce a 'smc' object list from a simple tab-delimited text file. The gene expression values from each of these gene lists is extracted and a summary statistic is computed for each subset (or region in the case of chromosomal bands/arms).
基因的表达值分为CL参数中的基因名单上的子集。这可以是一个的“GeneSetCollection”或“SMC”（简单的分子概念）对象名单。例如，readGmt可以用来生产“SMC”对象名单，从一个简单的制表符分隔的文本文件。从这些基因列表的每个基因的表达值提取和汇总统计，计算每个子集（或区域）染色体带/武器的情况下。

The expression data must have the same identifiers as the list of genes being tested. If they are not, the expression data can be converted using the aggregateExprs function, that can use a current annotation environment to convert and condense the gene expression data.
表达数据必须具有相同的标识符作为被测试的基因列表。如果他们不使用aggregateExprs功能，可以使用当前的注解环境转换和凝结的基因表达数据，表达数据可以转换。

By default the method set out by Kim and Volsky http://www.biomedcentral.com/1471-2105/6/144 is applied to the gene set. If weighted==FALSE than the default t.test function is used.
默认情况下由金正日和Volsky的http://www.biomedcentral.com/1471-2105/6/144所载的方法应用于基因组。如果加权== FALSE比默认的t.test函数用于。

The function is set up to perform the analysis on individual samples. For convenient method to analyze groups of samples, see the "Limma User's Guide" for more information on how to see up a contrast matrix and perform a linear model fit.  The coefficients of the fit can then be used a input into the PGSEA function.
该函数设置了个别样品进行分析。方便的方法来分析样品组，看到“Limma用户指南”上看到了一个对比矩阵和执行一个线性模型拟合的更多信息。然后，可以使用合适的系数PGSEA函数的输入。

This package has not been extensively tested beyond a set of well defined curated pathways using the  Affymetrix platform and significance values represent approximations. Any results should be confirmed  by additional gene set testing methodologies.
这个包还没有被广泛的测试超出了一套使用Affymetrix公司的平台和意义值代表近似的定义良好的策划途径。任何结果应确认的其他基因组的测试方法。


值----------Value----------

If p.value is set to a number, a matrix of results that pass at that significance is returned, of size <number of samples> x <number of molecular concepts>.
如果p.value设置为一个数字，返回结果，在这个意义传递矩阵，大小samples> x的分子concepts> <number <number。

If p.value is set to NA, all results are returned.
如果p.value设置为NA，所有结果返回。

If p.value is set to TRUE, then a list is returned that consists of the PGSEA results as well as their p.values.
p.value如果被设置为TRUE，然后返回列表，包括的PGSEA结果以及他们的p.values。


注意----------Note----------

http://www.biomedcentral.com/1471-2105/6/144



作者（S）----------Author(s)----------


Kim SY, Volsky DJ., kyle.furge@vai.org and karl.dykema@vai.org



参考文献----------References----------

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。