R语言 PCpheno包 OsterbergRaw()函数中文帮助文档(中英文对照)

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OsterbergRaw(PCpheno)
OsterbergRaw()所属R语言包：PCpheno

                                        Data from Osterberg at al. 2006
                                         数据来自于人Osterberg。 2006年

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Osterberg at al. (2006) report growth phenotypes in yeast for a strain collection over-expression ~600 C-terminal tagged integral membrane proteins growth both under normal and three different stress conditions.
osterberg在al。 （2006）报告中酵母菌的生长应变集合的表型表达~600，C-末端标记正常和三个不同的应力条件下的完整的膜蛋白的增长。


用法----------Usage----------


data(OsterbergRaw)



格式----------Format----------

OsterbergRaw is a 17 columns dataframe.
OsterbergRaw是17列dataframe的。




SYSTEMATIC Systematic gene names of the studied membrane protein
系统的系统研究膜蛋白基因名称




COMMUN Commun gene names of the studied membrane protein
COMMUN COMMUN研究膜蛋白的基因名称




TMHMM.C The topology predicted by TMHMM (TransMembrane prediction using Hidden Markov Models) using the experimentally assigned C-terminal location for the protein as a constraint. The topology is represented in the format Location of N-terminus TMhelices Location of C-terminus (i and o stand for in
TMHMM.C的拓扑结构预测通过TMHMM（使用隐马尔可夫模型的跨膜预测）使用实验分配的C-末端蛋白作为约束的位置。拓扑格式的N-末端TMhelices C-末端的位置，地点在表示（I和O代表在




WesternBlot Protein expression levels (arbitrary units), estimated from the band intensity and normalized to the internal
印迹蛋白表达水平（任意单位），估计从带的强度和规范化的内部




Bands Proteins detected as two distinct bands with different molecular mass on the Western blot analysis. category 1 indicates that both bands were insensitive to Endo H digestion, 2 indicates the higher molecular mass was shifted down upon Endo H digestion on SDS/PAGE and one  band was predominant compared to the other, and 3 indicates that a higher molecular mass band shifted down upon Endo H digestion on SDS/PAGE and both bands were equal
带蛋白检测Western blot分析为两个不同频段，不同分子质量。第1类表示两个频段是不敏感的Endo H酵素消化，2表示分子质量较高的SDS /页Endo H酵素消化后，被转移了一条带为主，相比其他3表明，较高的分子质量带转移后，Endo H酵素消化SDS /页，两个波段下来都是平等的




Toxicity Toxicity index from Spoko et al. (2006). The index varies between 1 and 5, where 1 means the strain is dead, and 5
毒性毒性指数从Spoko等。 （2006年）。该指数1和5，其中1表示的应变是死的，和5之间变化




sign.norm Over-expression strains that show a significant (P<0.001) growth rate phenotype (LSCrate) in synthetic defined medium conditions (Warringer et al., 2003). An average of two replicates is given. Strains that do not show a significant difference in doubling time compared with the wild-type strain are
sign.norm过度表达株，显示一个重要的增长速度（P <0.01）型合成定义介质条件（LSCrate）（Warringer等，2003）。平均两个复制。不显示倍增时间显着性差异的菌株与野生型菌株相比




all.norm Phenotypes (significant or not) of over-expression strains (LSCrate) in synthetic defined medium conditions
all.norm表型（重大与否）的过度表达株（LSCrate）定义在合成培养基条件




sign.NaCl Over-expression strains that show a significant (P<0.001) growth rate phenotype (LPIrate) in NaCl. An average of two replicates is given. Strains that do not show a significant difference in doubling time compared with the wild-type strain
sign.NaCl过度表达株，显示一个重要的增长速度（P <0.01）表型在NaCl（LPIrate）。平均两个复制。不显示倍增时间显着性差异的株与野生型菌株相比，




all.NaCl.LSC Phenotypes (significant or not) of over-expression strains (LSCrate) in NaCl (Warringer et al., 2003).
all.NaCl.LSC表型（重大与否）的过度表达株（LSCrate）在NaCl（Warringer等，2003）。




all.NaCl.LPI Phenotypes (significant or not) of over-expression strains (LPIrate) in NaCl (Warringer et al., 2003).
all.NaCl.LPI表型（重大与否）的过度表达株（LPIrate）在NaCl（Warringer等，2003）。




sign.caff Over-expression strains that show a significant (P<0.001) growth rate phenotype (LPIrate) in caffeine. An average of two replicates is given. Strains that do not show a significant difference in doubling time compared with the wild-type strain
sign.caff过度表达株，显示一个重要的增长速度（P <0.01）表型中的咖啡因（LPIrate）。平均两个复制。不显示倍增时间显着性差异的株与野生型菌株相比，




all.caff.LSC Phenotypes (significant or not) of over-expression strains (LSCrate) in caffeine (Warringer et al., 2003).
all.caff.LSC表型的重大与否）的过度表达株（LSCrate）（咖啡因（Warringer等，2003）。




all.caff.LPI Phenotypes (significant or not) of over-expression strains (LPIrate) in caffeine (Warringer et al., 2003).
all.caff.LPI表型（重大与否）的过度表达株（LPIrate），咖啡因（Warringer等，2003）。




sign.paraq. Over-expression strains that show a significant (P<0.001) growth rate phenotype (LPIrate) in paraquat. An average of two replicates is given. Strains that do not show a significant difference in doubling time compared with the wild-type strain
sign.paraq。株过度表达，表明一个重要的增长速度（P <0.01）表型百草枯（LPIrate）。平均两个复制。不显示倍增时间显着性差异的株与野生型菌株相比，




all.paraq.LSC Phenotypes (significant or not) of overexpression strains (LSCrate) in paraquat (Warringer et al., 2003).
all.paraq.LSC表型（重大与否）过度株（LSCrate）中百草枯（Warringer等，2003）。




all.paraq.LPI Phenotypes (significant or not) of overexpression strains (LPIrate) in paraquat (Warringer et al., 2003).
all.paraq.LPI表型（重大与否）过度株（LPIrate）中百草枯（Warringer等，2003）。


作者（S）----------Author(s)----------


N. LeMeur



源----------Source----------

Osterberg et al (2006), supplementary information: http://www.pnas.org/content/vol0/issue2006/images/data/0604078103/DC1/04078Table1.xls or  ftp://genome-ftp.stanford.edu/pub/yeast/systematic_results/phenotypes
osterberg等，补充资料（2006）：http://www.pnas.org/content/vol0/issue2006/images/data/0604078103/DC1/04078Table1.xls或ftp://genome-ftp.stanford.edu/发布/酵母/ systematic_results的/表型


参考文献----------References----------

G. (2006) Phenotypic effects of membrane protein overexpression in Saccharomyces cerevisiae. PNAS. 103(30):11148-53. PMID: 16847257

举例----------Examples----------


data(OsterbergRaw)
str(OsterbergRaw)


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