R语言 PCpheno包 graphTheory()函数中文帮助文档(中英文对照)

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graphTheory(PCpheno)
graphTheory()所属R语言包：PCpheno

                                        Graph theory to test associations between two or more relationships
                                         图形理论测试两个或两个以上的关系之间的关联

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Graph theory approach associated with a permutation test to evaluate
与置换的测试，以评估相关的图论方法


用法----------Usage----------


graphTheory(genename, interactome, perm)



参数----------Arguments----------

参数：genename
A vector a gene names that are associated with a particular phenotype
一个向量是一个特定的表型相关的基因名称


参数：interactome
A binary matrix composed of genes (rows) and biological complexes (columns) (see package ScISI)
基因（行）和生物复合物（列）组成的一个二进制矩阵（见ScISI包）


参数：perm
Numeric, number of permutation run
数字，数字排列运行


Details

详情----------Details----------

We form two distinct graphs where the set of nodes are the proteins (genes) in the organism. In one graph we create edges between genes if the two genes are members of one, or more, protein complexes. In the second graph we create an edge between all genes that are associated to a particular phenotype. We then construct a third graph on the same node set, but where there is an edge in this graph only if there is an edge in both of the first to graphs. We count the number of edges in the third and test by permutation whether the number of edges is unexpectedly large.
我们形成了两个不同的图形的节点集是在生物体的蛋白质（基因）。在一个图表中，我们创建基因之间的边缘，如果这两个基因是一个或多个蛋白质复合物的成员。在第二幅图中，我们创建了一个特定的表型相关的基因之间的边缘。然后，我们建立一个在同一节点上设置的第三个图，但那里是一个在此图的边缘，只有当是首先以图表的边缘。我们期望通过置换的边数，边数是否是出人意料的大，在第三和测试。


值----------Value----------

The returned value is a list with components:
返回值是一个组件的列表：


参数：edgeCount
Number of associations observed between the genes that are linked to a particular phenotype and the given interactome.
观察协会之间的链接到一个特定的表型和给定的相互作用组基因数目。


参数：edgeSimul
Number of associations if the genes that are linked to a particular phenotype are randomly distributed across the given interactome
协会的数量，如果链接到一个特定的表型的基因是随机分布整个给定的相互作用组


参数：p.value
Returned p.value
返回p.value


作者（S）----------Author(s)----------


R. Gentleman and N. LeMeur



参考文献----------References----------

Gentleman, R. (2004) A graph-theoretic approach to testing

举例----------Examples----------


data(ScISI)
data(essglist)
ans <- graphTheory(names(essglist), ScISI, perm=3)

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注：
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