R语言 PCpheno包 getFDgene()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getFDgene(PCpheno)
getFDgene()所属R语言包：PCpheno

                                        Get fitness defect genes
                                         获取健身缺陷基因

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to select genes that present a significant growth defect according to the condition(media) or generation time.
功能选择呈现出显着的生长缺陷的基因，根据条件（媒体）或世代时间。


用法----------Usage----------


getFDgene(data,condition,cutoff,mode="generation",subset)



参数----------Arguments----------

参数：data
List of fitness defect scores for genes tested at different experimental conditions.
在不同的实验条件下测试的基因的健身缺陷分数的名单。


参数：condition
Dataframe of experimental conditions
dataframe的实验条件


参数：cutoff
Numerical vector of length one or more, defining the threshold of 'significance' for the fitness defect score
数值向量长度的一个或多个定义“意义”的阈值健身缺损评分，


参数：mode
Character string defining the base of the selection either 'condition' (media) or 'generation' time, Default=generation.
字符串定义选择条件（媒体）或“一代人的时间，默认=代的基础。


参数：subset
Numerical vector or list to which apply the different cutoffs.
数值向量或列表，适用于不同的临界值。


值----------Value----------

Reduced list of gene fitness scores per experimental condition according to the experimental condition or the generation time.
每个实验条件下的基因健身分数，根据实验条件或生成时间减少列表。


作者（S）----------Author(s)----------


N. LeMeur



参考文献----------References----------

genome. Nature. 418(6896):387-91. PMID: 12140549

举例----------Examples----------


data(GiaeverPheno)
data(GiaeverExpCdt)
##Select all the genes, in the different experimental conditions, that present a fitness score above 20, 100 and 100 at 5, 15 and 20 generations, respectively [＃选择所有的基因，分别在不同的实验条件下，出席5健身得分超过20，100和100，15和20代，]
fitnessGen <- getFDgene(GiaeverPheno,condition=GiaeverExpCdt,cutoff=c(20,100,100),mode="generation",subset=c(5,15,20))
##Select all the genes, that present a fitness score above 15 and 100[＃选择所有的基因，目前15岁以上和100健身评分]
##in the condition set A and B respectively, independently of the generation time [＃设置条件A和B分别独立的生成时间]
fitnessCondt <- getFDgene(GiaeverPheno,condition=GiaeverExpCdt,cutoff=c(100,15),mode="condition",subset=list(a=c(1:23,27,30,31),b=c(24:26,28,29)))

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