R语言 PCpheno包 densityEstimate()函数中文帮助文档(中英文对照)

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densityEstimate(PCpheno)
densityEstimate()所属R语言包：PCpheno

                                        Observed versus Expected Ratios
                                         观察与预期的比率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to calculate the ratio of genes that characterize a phenotype (observed) among the genes that characterize a biological complex versus the ratio of a set of randomly sampled genes (expected) among the genes that characterize a biological complex.
函数来计算的基因特征之间的基因特征的一组随机抽样的基因之间的基因特征的生物复杂（预计）的比例与生物复杂的表型（观察）的比例。


用法----------Usage----------


densityEstimate(genename,interactome,perm)



参数----------Arguments----------

参数：genename
Character vector of the gene names that characterize a specific phenotype.
一个特定的表型特征的基因名称的特征向量。


参数：interactome
Contingency matrix of genes (rows) and biological complexes (columns) (see package ScISI)  
应急基因（行）和生物复合物（列）矩阵（见ScISI包）


参数：perm
Numeric vector indicating the number of simulations to run to compute the expected ratios.
数字矢量显示的模拟运行计算预期的比率。


值----------Value----------

List of observed and simulated ratios.
观测和模拟比名单。


作者（S）----------Author(s)----------


N. LeMeur



举例----------Examples----------


data(ScISI)
data(essglist)
essential <- names(essglist)
ScISI <- as.matrix(ScISI)
  ratio<- densityEstimate(genename=essential,interactome=ScISI,perm=50)

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注：
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