getImat(pcot2)
getImat()所属R语言包：pcot2
Generate an indicator matrix
生成一个指标矩阵
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function is used to generate an indicator matrix as an input to the pcot2 function. The gene category indicator matrix indicates presence or absence of genes in pre-defined gene sets (e.g., gene pathways). The indicator matrix contains rows representing gene identifiers of genes present in the expression data and columns representing pre-defined group names. A value of 1 indicates the presence of a gene and 0 indicates the absence for the gene in a particular group.
这个函数是用来产生一个输入的pcot2功能的一个指标矩阵。基因类指标矩阵表示在预定义基因组的基因（例如，基因途径）存在或不存在。指标矩阵中包含的行代表基因的基因表达数据与预先定义的组名称列标识符。值为1表示一个基因的存在，0表示没有在某一特定群体的基因。
用法----------Usage----------
getImat(x, pathlist, ms = 10)
参数----------Arguments----------
参数：x
A matrix with no missing values; Each row represents a gene and each column represents a sample.
一个没有遗漏值矩阵，每一行代表一个基因，每一列代表一个样本。
参数：pathlist
A list of gene sets.
基因组名单。
参数：ms
The minimum gene set size. Gene sets containing less than this number of genes will be excluded from the analysis.
最小的基因组大小。基因组含有少于这个数目的基因将被排除在分析之外。
值----------Value----------
An indicator matrix is returned. The matrix value is 1 (gene in) or 0 (gene out)
返回一个指标矩阵。矩阵的值是1（基因）或0（基因出）
作者（S）----------Author(s)----------
Sarah Song and Mik Black
参见----------See Also----------
pcot2,corplot,corplot2,aveProbe
pcot2，corplot，corplot2，aveProbe
举例----------Examples----------
library(multtest)
library(hu6800.db)
data(golub)
rownames(golub) <- golub.gnames[,3]
colnames(golub) <- golub.cl
KEGG.list <- as.list(hu6800PATH)
imat <- getImat(golub, KEGG.list, ms=10)
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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 10:55:28
