R语言 PatientGeneSets包 extract.sims.method()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

extract.sims.method(PatientGeneSets)
extract.sims.method()所属R语言包：PatientGeneSets

                                         Extracts the p-values or q-values from a SetMethodsSims object for a specific method.
                                         提取的p值SetMethodsSims对象从一个特定的方法或Q值。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is used to obtain a single data frame with the p-values or q-values from one of the specific gene-set analysis methods, from a SetMethodsSims object which has the results from simulated datasets.
此功能被用来获取单个数据框从一个SetMethodsSims对象，它具有模拟实验的结果，与P-值或Q值从一个特定的基因组分析方法。


用法----------Usage----------


extract.sims.method(object, method)



参数----------Arguments----------

参数：object
Object of the class SetMethodsSims.  
对象类SetMethodsSims。


参数：method
Character string giving the method used for extraction, and whether p-values or q-values are extracted. The string should be one of the column names of the data frame resulting from the do.gene.set.analysis function.   
字符串提取方法，p值或Q值是否被提取。字符串应该是do.gene.set.analysis函数的数据框中的列名之一。


值----------Value----------

An object of the class SetMethodsSims. See SetMethodsSims for more details.
类SetMethodsSims对象。看到SetMethodsSims更多细节。


作者（S）----------Author(s)----------



Simina M. Boca, Giovanni Parmigiani.




参考文献----------References----------

Parmigiani G. Patient-oriented gene-set analysis for cancer mutation data. Submitted, 2010.

参见----------See Also----------

SetMethodsSims-class, sim.data.p.values, do.gene.set.analysis
SetMethodsSims-class，sim.data.p.values，do.gene.set.analysis


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
##Note that this takes a few minutes to run:[＃注意，这需要几分钟的时间来运行：]
library(KEGG.db)
data(Parsons)
data(ID2name)

set.seed(831984)

resultsSim <-
    sim.data.p.values(EventsBySample = EventsBySampleBrain,
                      Mutations = MutationsBrain,
                      GeneSizes = GeneSizes08,
                      Coverage = CoverageBrain,
                      GeneSets = KEGGPATHID2EXTID[c("hsa05213",
                      "hsa05223", "hsa00250")],
                      ID2name = ID2name,
                      nr.iter = 2,
                      pass.null = TRUE,
                      perc.samples = c(75, 95),
                      spiked.set.sizes = c(50),
                      show.iter = TRUE,
                      gene.method = FALSE,
                      perm.null.method = TRUE,
                      perm.null.het.method = FALSE,
                      pass.null.method = TRUE,
                      pass.null.het.method = FALSE)

resultsSim

extract.sims.method(resultsSim, "p.values.perm.null")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。