R语言 PatientGeneSets包 combine.sims()函数中文帮助文档(中英文对照)

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combine.sims(PatientGeneSets)
combine.sims()所属R语言包：PatientGeneSets

                                         Combines two SetMethodSims objects.
                                         结合两个SetMethodSims对象。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is used to combine two SetMethodSims objects, which have the results from simulated datasets, provided that the values for pass.null, perc.samples, and spiked.set.sizes  match up when the objects are generated with the sim.data.p.values function.
此功能用于合并两个SetMethodSims对象，其中有从模拟实验的结果，提供值pass.null, perc.samples,和spiked.set.sizes匹配对象时生成与<X >功能。


用法----------Usage----------


combine.sims(obj1, obj2)



参数----------Arguments----------

参数：obj1
Object of the class SetMethodsSims.  
对象类SetMethodsSims。


参数：obj2
Object of the class SetMethodsSims.  
对象类SetMethodsSims。


值----------Value----------

An object of the class SetMethodsSims. See SetMethodsSims for more details.
类SetMethodsSims对象。看到SetMethodsSims更多细节。


作者（S）----------Author(s)----------



Simina M. Boca, Giovanni Parmigiani.




参考文献----------References----------

Parmigiani G. Patient-oriented gene-set analysis for cancer mutation data. Submitted, 2010.

参见----------See Also----------

SetMethodsSims-class, sim.data.p.values
SetMethodsSims-class，sim.data.p.values


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
##Note that this takes a few minutes to run:[＃注意，这需要几分钟的时间来运行：]
library(KEGG.db)
data(Parsons)
data(ID2name)

set.seed(831984)

resultsSim <-
    sim.data.p.values(EventsBySample = EventsBySampleBrain,
                      Mutations = MutationsBrain,
                      GeneSizes = GeneSizes08,
                      Coverage = CoverageBrain,
                      GeneSets = KEGGPATHID2EXTID[c("hsa05213",
                      "hsa05223", "hsa00250")],
                      ID2name = ID2name,
                      nr.iter = 2,
                      pass.null = TRUE,
                      perc.samples = c(75, 95),
                      spiked.set.sizes = c(50),
                      show.iter = TRUE,
                      gene.method = FALSE,
                      perm.null.method = TRUE,
                      perm.null.het.method = FALSE,
                      pass.null.method = TRUE,
                      pass.null.het.method = FALSE)

resultsSim

extract.sims.method(resultsSim, resultsSim)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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