R语言 PAN包 viewPAN()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

viewPAN(PAN)
viewPAN()所属R语言包：PAN

                                         Show posterior association networks or modules in ‘igraph’ or ‘RedeR’
                                         显示在“IGRAPH或瑞德后的协会网络或模块

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function display inferred posterior association networks or enriched functional gene modules in igraph or a powerful graphical visualization software RedeR.
功能显示在IGRAPH或一个功能强大的图形可视化软件RedeR推断后的协会网络，丰富的功能基因模块。


用法----------Usage----------


viewPAN(object, what="graph", moduleID=1,
layout="layout.fruchterman.reingold", verbose=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object of S4 class PAN.  
S4类PAN的对象。


参数：what
a character value specifying which to show: 'graph' or 'pvclustModule'.  
指定要显示的字符值：图或pvclustModule“。


参数：moduleID
a numeric or integer vector of modules to view (see details in sigModules). This argument will be applied only when what="pvclustModule".  
查看一个模块的数字或整数向量（见细节sigModules）。这种说法只适用于当=pvclustModule“的。


参数：layout
a character value specifying the layout method (see details in layout). This argument will be applied only when engine="igraph" when build a graph for PAN using buildPAN.  
指定一个字符值的布局方法（见细节layout）。此参数将被应用，只有当发动机=IGRAPH建立一个泛图使用buildPAN。


参数：verbose
a logical value to switch on (if TRUE) or off if FALSE detailed run-time message.  
一个逻辑值切换（如果TRUE）或关闭，如果FALSE详细的运行时的消息。


参数：...
not in use, but only for further extension.  
在不使用，但仅用于进一步扩展。


Details

详情----------Details----------

This function presents the inferred posterior association network or enriched  functional modules in igraph or RedeR depending on the graphics engine used when building the graph for PAN (details in buildPAN).
此功能介绍推断后协会网络IGRAPH丰富的功能模块或RedeR的图形引擎上取决于建设泛图（细节buildPAN）时使用。

Please note that when viewing a dense PAN in "igraph", it could be very messy. Multiple modules can be viewed at the same time in "RedeR" powered by its feature of "containers", which are used to group gene modules. When view multiple modules in "igraph",
请注意，当观看致密的PANIGRAPH，它可能是非常杂乱。多个模块可以被视为在同一时间在“瑞德”，其“容器”，这是用来组基因模块的功能。当查看多个IGRAPH模块，


作者（S）----------Author(s)----------



Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>




参考文献----------References----------

and Florian Markowetz, Posterior association networks and enriched  functional gene modules inferred from rich phenotypic perturbation  screens, in preparation.

参见----------See Also----------

buildPAN, layout
buildPAN，layout


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
data(bm, package="PAN")
pan<-new("PAN", bm1=bm1)
pan<-infer(pan, para=list(type="SNR", log=TRUE, sign=TRUE, cutoff=log(5)),
filter=FALSE, verbose=TRUE)
data(Bakal2007Cluster, package="PAN")
pan<-buildPAN(pan, engine="igraph", para=list(nodeColor=nodeColor,
hideNeg=TRUE), verbose=TRUE)
##view inferred PAN[＃查看推断潘]
viewPAN(pan, what='graph', layout="layout.fruchterman.reingold")       

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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