R语言 PAN包 infer()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

infer(PAN)
infer()所属R语言包：PAN

                                         Infer a posterior association network
                                         推断后的协会网络

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function infers a posterior association network from beta-mixture modelling of functional associations computed from rich phenotyping screens.
函数推断β-混合建模计算从丰富的表型屏幕的功能协会了后路协会网络。


用法----------Usage----------


infer(object, para=list(type='SNR', log=TRUE, sign=TRUE, cutoff=0),
filter=FALSE, verbose=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object of S4 class PAN.  
S4类PAN的对象。


参数：para
a list of parameters to perform inference (see details).  
列表中的参数进行推理（见详情）。


参数：filter
a logical value specifying whether or not to filter out genes without any significant association with all the other genes.  
一个逻辑值，指明是否过滤掉没有任何显着关联，与所有其他基因的基因。


参数：verbose
a logical value to switch on (if TRUE) or off if FALSE detailed run-time message.  
一个逻辑值切换（如果TRUE）或关闭，如果FALSE详细的运行时的消息。


参数：...
not in use, only for further extension.  
在不使用，仅用于进一步扩展。


Details

详情----------Details----------

This function employs different edge weights to infer a posterior association network (see edgeWeight for more details). Multiple parameters are provided for the user to specify the network:
此功能采用不同的边权重，推断后的联想网络（见edgeWeight更多详情）。为用户指定的网络提供了多个参数：

'type' -  a character value giving the type of edge weights: signal-to- noise ratio ('SNR'), posterior probability ratio ('PPR') or posterior probability ('PP').
“类型” - 一个字符值，使边权类型：信号噪声比（信噪比），后验概率比（PPR的）或后验概率（聚丙烯）。

'log' - a logical value specifying whether or not to compute logrithms for edge weights.
“log” - 一个逻辑值，指定是否计算为边权重logrithms。

'sign' - a logical value specifying whether a signed graph should be inferred. It is only valid when type='SNR'.
“签名” - 一个逻辑值，指明是否应推断签署图。这是唯一有效的type='SNR'。

'cutoff' -  a numeric value giving the threshold to tell the significance of an edge.
“截止” - 一个数值阈值告诉边缘的意义。


值----------Value----------

This function will return an object of class PAN with inferred PAN updated in slot 'graph'.
这个函数将返回一个对象类PAN槽“图”中的更新的推断潘。


作者（S）----------Author(s)----------



Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>




参考文献----------References----------

and Florian Markowetz, Posterior association networks and enriched  functional gene modules inferred from rich phenotypic perturbation  screens, in preparation.

参见----------See Also----------

edgeWeight
edgeWeight


举例----------Examples----------


data(bm, package="PAN")
pan<-new("PAN", bm1=bm1)
pan<-infer(pan, para=list(type="SNR", log=TRUE, sign=TRUE, cutoff=log(5)),
filter=FALSE, verbose=TRUE)

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