R语言 PAnnBuilder包 ptmBuilder_DB()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ptmBuilder_DB(PAnnBuilder)
ptmBuilder_DB()所属R语言包：PAnnBuilder

                                        Build Data Packages for Protein Post-Translational Modifications
                                         建立蛋白质翻译后修饰的数据包

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given the URL to Post-Translational Modifications data, this function  creates a SQLite-based annotation data package.
由于翻译后修饰数据的URL，这个函数创建一个SQLite为基础的数据包注释。


用法----------Usage----------


ptmBuilder_DB(src="SysPTM",
          prefix, pkgPath, version, author)



参数----------Arguments----------

参数：src
a character string that can be "SysPTM" to indicate which database will be used. "SysPTM": http://www.biosino.org/SysPTM  
一个字符串，可以是“SysPTM”，表示将使用哪个数据库。 “SysPTM”：http://www.biosino.org/SysPTM


参数：prefix
the prefix of the name of the data package to be built. (e.g.  "hsaSP"). The name of builded package is prefix+".db".  
兴建的数据包名称的前缀。 （例如“hsaSP”）。建造包的名称为前缀+“DB”。


参数：pkgPath
a character string for the full path of an existing directory where the built backage will be stored.   
为建backage将存储现有目录的完整路径的字符串。


参数：version
a character string for the version number.
一个版本号的字符串。


参数：author
a list with named elements "authors" containing a character vector of author names and "maintainer" containing the complete character string for the maintainer field, for example, "Jane Doe <jdoe@doe.com>".
与元素命名为“作者”包含作者姓名的特征向量和“维护者”，含有完整的字符串维护者领域，例如，“Jane Doe的<jdoe@doe.com>”的名单。


Details

详情----------Details----------

Build annotation data packages for Post-Translational Modifications, such  as phosphorylation, methylation, acetylation, glycosylation and so on.
翻译后修饰，如磷酸化，甲基化，乙酰化，糖基化等建立注解的数据包。

ptmBuilder_DB employes functions  writeSYSPTMData_DB to parse and write data.  
ptmBuilder_DB聘用过的员工职能writeSYSPTMData_DB解析和写入数据。

Data files in the database will be automatically downloaded to the tmp directory, so enough space is needed for the data files. After downloading, files are parsed by perl, so perl must be installed.  It may  take a long time to parse database and build R package. Alternatively, we have  produced diverse R packages by PAnnBuilder, and you can download appropriate  package via http://www.biosino.org/PAnnBuilder.
数据库中的数据文件将被自动下载到tmp目录，以便有足够的空间所需的数据文件。下载后，文件是由Perl解析，所以必须安装perl的。这可能需要很长的时间解析数据库和建立R包。另外，我们由PAnnBuilder生产多样化的R包，你可以通过http://www.biosino.org/PAnnBuilder下载相应的包。


值----------Value----------

This function does not return any value.
此函数不返回任何值。


作者（S）----------Author(s)----------


Hong Li



举例----------Examples----------


# Set path, version and author for the package.[设置包的路径，版本和作者。]
pkgPath <- tempdir()                                       
version <- "1.0.0"                                    
author <- list()                                       
author[["authors"]] <- "Hong Li"                       
author[["maintainer"]] <- "Hong Li <sysptm@gmail.com>"

## It may take a long time to parse database and build R package.[＃这可能需要很长一段时间解析数据库和建立R包。]
# Build annotation data packages "sysptm.db" for post-translational modifications.[建立注释数据包“sysptm.db”的翻译后修饰。]
if(interactive()){
    ptmBuilder_DB(src = "SysPTM",
               prefix= "sysptm", pkgPath, version, author)
}

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