R语言 PAnnBuilder包 createAnnObjs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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createAnnObjs(PAnnBuilder)
createAnnObjs()所属R语言包：PAnnBuilder

                                        Creates the AnnObj instances
                                         创建AnnObj实例

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions creates the AnnObj instances for the SQLite-based annotation  data packages.
这些功能创建基于SQLite的注释数据包AnnObj实例。


用法----------Usage----------


createSeeds(type)

createAnnObjs(type, prefix, datacache, dbconn)



参数----------Arguments----------

参数：type
character string, giving the name of concerned database. Possible  values of type are : "sp", "trembl", "ipi", "refseq", "geneint", "intact", "mppi",  "3DID", "DOMINE", "BaCelLo", "DBSubLoc", "SCOP", "HomoloGene", "InParanoid",  "PeptideAtlas", "SysPTM", "SysBodyFluid", "GOA", "GO", "KEGGNAME", "PFAMNAME",  "INTERPRONAME", "TAXNAME", "dName", "cross", "pSeq"
字符串，提供有关数据库的名称。可能的值的类型是：“SP”，“TrEMBL这”，“IPI”，“的RefSeq”，“geneint”，“完整”，“MPPI”，“3DID”，“DOMINE” “BaCelLo”，“DBSubLoc”，“SCOP的”，“HomoloGene”，“INPARANOID”，“PeptideAtlas”，“SysPTM”，“SysBodyFluid的”，“兴亚”，“GO” ，“KEGGNAME”，“PFAMNAME”，“INTERPRONAME”，“TAXNAME”，“DNAME”，“叉乘”，“PSEQ”


参数：prefix
the prefix of the name of the data package to be built. (e.g.  "hsaSP"). The name of builded package is prefix+".db".  
兴建的数据包名称的前缀。 （例如“hsaSP”）。建造包的名称为前缀+“DB”。


参数：datacache
a R environment, giving the name of "*.sqlite" database file,  and a object which extends DBIConnection to the database.
研发环境，使“*。sqlite的”数据库文件的名称和对象扩展到数据库DBIConnection。


参数：dbconn
a connection object to the package.
一个连接对象的包。


Details

详情----------Details----------

Given the abbreviation of databases, createSeeds returns a list  which describes the set of AnnObj objects.
由于数据库的缩写，createSeeds返回一个列表，其中介绍了AnnObj对象集。

createAnnObjs creates the AnnObj instances based on the values  of createSeeds.
createAnnObjs创建的AnnObj的根据createSeeds值的实例。

dbschema(x, file="", show.indices=FALSE): Print the schema definition of the SQLite DB. Also works if x is a DBIConnection object. The  file argument must be a connection, or a character string naming the  file to print to (see the file argument of the cat  function for the details). The CREATE INDEX statements are not shown by default. Use show.indices=TRUE to get them.
dbschema(x, file="", show.indices=FALSE)：打印SQLite数据库的架构定义。还可以，如果x是DBIConnection的对象。 file参数必须是一个连接，或一个字符串命名的文件打印到（见filecat细节功能参数）。 CREATE INDEX语句默认情况下不显示。使用show.indices=TRUE让他们。


作者（S）----------Author(s)----------


Hong Li

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