R语言 OTUbase包 readOTUset()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readOTUset(OTUbase)
readOTUset()所属R语言包：OTUbase

                                        readOTUset
                                         readOTUset

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function reads in data and creates an OTUset object
该函数读取数据和创建一个OTUset对象


用法----------Usage----------


    readOTUset(dirPath, otufile, level, fastafile, qualfile, samplefile, sampleADF, assignmentADF, sADF.names, aADF.names, rdp=F, otufiletype)



参数----------Arguments----------

参数：dirPath
The directory path were the datafile are located. This is the current directory by default.
目录路径是位于数据文件。这是默认的当前目录。


参数：otufile
The OTU file. The only format currently supported is the Mothur format for .list files.
OTU的文件。目前支持的唯一格式是Mothur。列表文件格式。


参数：level
The OTU clustering level. By default this is 0.03. This level must correspond to levels present in the otufile.
OTU集聚水平。默认情况下，这是0.03。必须符合这个级别的otufile目前的水平。


参数：fastafile
The fasta file. This is read in by ShortRead.
FASTA文件。这是读（由ShortRead）。


参数：qualfile
The quality file. This is read in by ShortRead.
质量文件。这是读（由ShortRead）。


参数：samplefile
The sample file. Currently this must be in Mothur format (.groups).
示例文件。目前，这一定是在Mothur格式（集团）。


参数：sampleADF
The sample meta data file. This is in AnnotatedDataFrame format.
样本元数据文件。这是在AnnotatedDataFrame格式。


参数：assignmentADF
The assignment meta data file (the OTU meta data). This is generally in AnnotatedDataFrame format although it is also possible to read in an RDP classification file if there is only one read classification for each cluster and rdp=TRUE.
分配元数据文件（OTU的元数据）。一般是在AnnotatedDataFrame格式的，虽然它也有可能在一个RDP分类文件阅读，如果有是只有一个读取每个聚类和rdp= TRUE，分类。


参数：sADF.names
The column of the sampleADF file that has the sample names.
有样品名称，sampleADF文件列。


参数：aADF.names
The column of the assignmentADF file that has the assignment names.
的assignmentADF文件分配名称的列。


参数：rdp
By default this is FALSE. Change to TRUE if assignmentADF is an RDP classification file. The RDP file must be in the fixed format.
默认情况下，这是假的。更改为TRUE，如果assignmentADF是一个RDP分类文件。 RDP文件必须在固定的格式。


参数：otufiletype
The type of OTU file. Takes values "mothur", "cdhit", and "blastclust". Defaults to "mothur".
OTU的文件类型。需要值“mothur”，“cdhit”，“blastclust”。默认“mothur”。


举例----------Examples----------



dirPath <- system.file("extdata/Sogin_2006", package="OTUbase")

## read in data into OTUset object[＃读取数据OTUset对象]
soginOTU <- readOTUset(dirPath=dirPath, level="0.03", samplefile="sogin.groups", fastafile="sogin.fasta", otufile="sogin.unique.filter.fn.list", sampleADF="sample_metadata.txt")

soginOTU


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