R语言 OTUbase包 other_functions()函数中文帮助文档(中英文对照)

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other_functions(OTUbase)
other_functions()所属R语言包：OTUbase

                                        Other functions
                                         其他功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These are other functions available. Caution is advised when using them. Some are still in development and others only work on specific objects (OTUset or TAXset).
这些都是可用的其他功能。使用时需要谨慎对待。一些仍处于发展阶段，只对特定的对象（OTUset或TAXset）。


用法----------Usage----------


    getOTUs(object, colnum, value, exact)
    getSamples(object, colnum, value, exact)
    o_diversity(object, ...)
    o_estimateR(object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An OTUset or a TAXset object.
OTUset或TAXset对象。


参数：colnum
The column of the sampleData or assignmentData dataframe that contains the value.
sampleData或assignmentDatadataframe包含该值的列。


参数：value
The desired value.
所需的值。


参数：exact
If exact=T value must match perfectly. If exact=F value will grep instead of match.  
如果确切= Tvalue必须完全匹配。如果确切= F的valuegrep的匹配。


参数：...
Other arguments. Often these are passed to abundance
其他参数。通常，这些传递abundance的


Details

详情----------Details----------

getOTUs Returns OTU names that match given values in the assignmentData dataframe.
getOTUs返回的OTU在assignmentData dataframe匹配给定的值的名称。

getSamples Returns sample names that match given values in the sampleData dataframe.
getSamples返回样本的sampleData dataframe匹配给定的值的名称。

o_diversity Wrapper for vegan's diversity function.
o_diversity包装为素食主义者的多样性功能。

o_estimateR Wrapper for vegan's estimateR function.
素食的estimateR功能o_estimateR包装。

otuseqplot Plots the samples acording to number of OTUs and number of sequences.
otuseqplot图的样品acording个OTUs数量和序列数。

otusize Returns the size of each OTU.
otusize返回每个OTU的大小。

otuspersample Lists the number of OTUs in each sample.
otuspersample列出每个样本中的数个OTUs。

rseqplot Plots the samples by estimated richness and number of sequences.
rseqplot图的样本序列估计的丰富和数量。

seqspersample Returns the number of sequences in each sample.
seqspersample在每个样品返回序列的数量。

sharedotus Returns the number of OTUs shared between samples.
sharedotus返回样本之间共享个OTU的数量。


举例----------Examples----------



## locate directory with data[＃定位数据目录]
dirPath <- system.file("extdata/Sogin_2006", package="OTUbase")

## read in data into OTUset object[＃读取数据OTUset对象]
soginOTU <- readOTUset(dirPath=dirPath, level="0.03", samplefile="sogin.groups", fastafile="sogin.fasta", otufile="sogin.unique.filter.fn.list", sampleADF="sample_metadata.txt")

getSamples(soginOTU, colnum="Site", value="Labrador", exact=FALSE)

o_estimateR(soginOTU)


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注：
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