R语言 OTUbase包 abundance()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

abundance(OTUbase)
abundance()所属R语言包：OTUbase

                                        abundance
                                         丰富

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

abundance generates an abundance table. This table can be either weighted or unweighted.
abundance产生一个丰度表。此表可以是加权或不加权。


用法----------Usage----------


abundance(object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An OTUset or a TAXset object
OTUset或TAXset对象


参数：...
Additional arguments. These will depend on if the object is an OTUset or a TAXset object.
额外的参数。这将取决于如果对象是一个OTUset或TAXset对象。


Details

详情----------Details----------

These are other arguments passed to abundance
这些都是其他参数传递abundance的

taxCol If generating the abundance from a TAXset object, taxCol selects the column of the tax dataframe from which to calculate the abundance.
如果产生taxCol丰从TAXset对象，taxCol选择taxdataframe的列从计算的丰度。

assignmentCol If generating the abundance from an OTUset object assignmentCol will select a column of the assignmentData dataframe to use when calculating abundance. This will override the default of creating an abundance table of the OTUs and instead create an abundance table of a column in the assignmentData dataframe.
如果assignmentCol产生大量从OTUset对象assignmentCol将选择一个assignmentDatadataframe列计算丰度时使用。这将覆盖创造一个个OTUs的丰度表的默认，而不是创建的丰了assignmentDatadataframe列表。

sampleCol sampleCol generates the abundance table using a column in the sampleData data fram instead of the default of using the sampleID.
sampleColsampleCol产生丰富的sampleData数据FRAM，而非使用的sampleID的默认表使用一列。

collab An optional parameter that selets a column of the sampleData dataframe to use when labeling the columns of the abundance table.
collab一个可选参数，selets列标签丰度表列时使用了sampleDatadataframe。

weighted By default this is FALSE. When set to TRUE abundance will return proportional abundances.
默认情况下加权这是假的。当设置为TRUEabundance将返回比例丰度。


值----------Value----------

The returned value will be a data.frame.
返回值将是一个数据框。


举例----------Examples----------



## locate directory with data[＃定位数据目录]
dirPath <- system.file("extdata/Sogin_2006", package="OTUbase")

## read in data into OTUset object[＃读取数据OTUset对象]
soginOTU <- readOTUset(dirPath=dirPath, level="0.03", samplefile="sogin.groups", fastafile="sogin.fasta", otufile="sogin.unique.filter.fn.list", sampleADF="sample_metadata.txt")

## calculate abundance[＃计算丰]
abundance(soginOTU, collab="Site")

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