lin(OLIN)
lin()所属R语言包：OLIN
Local intensity-dependent normalisation of two-colour microarrays
当地依赖强度两色芯片标准化
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This functions performs local intensity-dependent normalisation (LIN)
这个函数执行当地依赖强度标准化（LIN）
用法----------Usage----------
lin(object,X=NA,Y=NA,alpha=0.3,iter=2,scale=TRUE,weights=NA,bg.corr="subtract",...)
参数----------Arguments----------
参数：object
object of class “marrayRaw”
对象类“marrayRaw”
参数：X
matrix with x-coordinates of spots. If X=NA, columns on array are used as proxies for the location in x-direction
矩阵与点的x坐标。如果X =不适用，对数组的列作为代理，在x方向的位置
参数：Y
matrix with y-coordinates of spots. If Y=NA, rows on array are used as proxies for the location in y-direction
矩阵与y坐标的点。如果Y =不适用，对数组的行作为代理的位置在y方向
参数：alpha
smooting parameter for local regression
smooting参数的局部回归
参数：iter
number of iterations in the LIN procedure
林过程中的迭代次数
参数：scale
scale parameter for smooting in Y-direction of the array in respect to smoothing in X-direcction. If scale=TRUE, standard deviations are used.
在Y方向的阵列smooting在尊重在X direcction，平滑的尺度参数。如果scale=TRUE，使用标准差。
参数：weights
matrix of weights for local regression. Rows correspond to the spotted probe sequences, columns to arrays in the batch. These may be derived from the matrix of spot quality weights as defined for “maRaw” objects.
局部回归权矩阵。行对应的斑点探针序列，列在批次阵列。这些可能来自现场质量权重矩阵“maRaw”对象定义。
参数：bg.corr
backcorrection method (for “marrayRaw” objects) : “none” or “subtract”(default).
backcorrection法（“marrayRaw”对象）：“无”或“减”（默认）。
参数：...
Further arguments for locfit function.
locfit功能的进一步论据。
Details
详情----------Details----------
LIN is based on the same normalisation scheme as OLIN, but does not incorporate optimisation of model parameters. The function lin can serve for comparison. Alternatively, it can be used to enforce a conservative model fit.
林基础上作为奥林相同标准化的计划，但不纳入模型参数的优化。功能lin可以进行比较。另外，它还可以被用来执行一个保守的模型拟合。
The smoothing parameter alpha controls the neighbourhood size h of local fitting. It specifies the fraction of points that are included in the neighbourhood and, thus, has a value between 0 and 1. Larger alpha values lead to smoother fits.
平滑参数alpha控制局部装修的邻里长h。它指定包括在附近，因此，有一个0和1之间的值的点的分数。较大的alpha值导致更流畅的配合。
If the normalisation should be based on set of genes assumed to be not differentially expressed (house-keeping genes), weights can be used for local regression. In this case, all weights should be set to zero except for the house-keeping genes for which weights are set to one. In order to achieve a reliable regression, it is important, however, that there is a sufficient number of house-keeping genes that cover the whole expression range and are spotted accross the whole array.
如果标准化应根据假定不差异表达（看家基因）的基因组，重量可用于局部回归。在这种情况下，所有的权重应设置为零，除了看家基因为权重设置一个。为了实现可靠的回归，它是重要的，但是，有足够数量的看家基因表达范围覆盖整个发现有accross整个阵列。
值----------Value----------
Object of class “marrayNorm” with normalised logged ratios
对象类的“marrayNorm”归登录比率
作者（S）----------Author(s)----------
Matthias E. Futschik (<a href="http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik">http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik</a>)
参考文献----------References----------
<STRONG>Genome Biology</STRONG>, 5:R60
参见----------See Also----------
maNorm, locfit, olin,oin
maNorm，locfit，olin，oin
举例----------Examples----------
# LOADING DATA[加载数据]
data(sw)
data(sw.xy)
# LOCAL INTENSITY-DEPENDENT NORMALISATION [局部强度依赖标准化]
norm.lin <- lin(sw,X=sw.xy$X,Y=sw.xy$Y)
# MA-PLOT OF NORMALISATION RESULTS OF FIRST ARRAY[主图标准化的第一个数组结果]
plot(maA(norm.lin)[,1],maM(norm.lin)[,1],main="LIN")
# CORRESPONDING MXY-PLOT[通讯MXY-图]
mxy.plot(maM(norm.lin)[,1],Ngc=maNgc(norm.lin),Ngr=maNgr(norm.lin),
Nsc=maNsc(norm.lin),Nsr=maNsr(norm.lin),main="LIN")
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发表于 2012-2-26 08:20:34
