R语言 oligo包 read.xysfiles()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

read.xysfiles(oligo)
read.xysfiles()所属R语言包：oligo

                                        Parser to XYS files
                                         XYS文件解析器

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

NimbleGen provides XYS files which are read by this function.
NimbleGen的提供XYS这是由这个函数读取的文件。


用法----------Usage----------


read.xysfiles(..., filenames, pkgname, phenoData, featureData,
experimentData, protocolData, notes, verbose=TRUE, sampleNames,
checkType=TRUE)

read.xysfiles2(channel1, channel2, pkgname, phenoData, featureData,
experimentData, protocolData, notes, verbose=TRUE, sampleNames,
checkType=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：...
file names
文件名


参数：filenames
character vector with filenames.
character向量与文件名。


参数：channel1
a character vector with the XYS filenames for the first 'channel' on a Tiling application
character向量与第一个“通道”上平铺的应用程序文件名XYS


参数：channel2
a character vector with the XYS filenames for the second 'channel' on a Tiling application
character向量XYS的第二个“通道”上平铺的应用程序文件名


参数：pkgname
character vector with alternative PD Info package name
character向量替代PD信息包的名称


参数：phenoData
phenoData
phenoData


参数：featureData
featureData
featureData


参数：experimentData
experimentData
experimentData


参数：protocolData
protocolData
protocolData


参数：notes
notes
notes


参数：verbose
verbose
verbose


参数：sampleNames
character vector with sample names (usually better descriptors than the filenames)
character向量样品名称（文件名通常是更好的描述）


参数：checkType
logical. Check type of each file? This can be time consuming.
logical。检查每个文件类型？这可能非常耗时。


Details

详情----------Details----------

The function will read the XYS files provided by NimbleGen Systems and return an object of class FeatureSet.
该函数将读XYS NimbleGen系统所提供的文件和返回的FeatureSet类的对象。

The function guesses which annotation package to use from the header of the XYS file. The user can also provide the name of the annotaion package to be used (via the pkgname argument). If the annotation package cannot be loaded, the function returns an error. If the annotation package is not available from BioConductor, one can use the pdInfoBuilder package to build one.
函数使用头的XYS文件的注释包的猜测。用户还可以提供用于的annotaion包的名称（通过pkgname参数）。如果不能加载注释包，函数返回一个错误。如果不从BioConductor注解包，可以使用pdInfoBuilder包建立一个。


值----------Value----------


参数：<code>ExpressionFeatureSet</code>
if Expresssion arrays
如果Expresssion阵列


参数：<code>TilingFeatureSet</code>
if Tiling arrays
如果平铺阵列


参见----------See Also----------

list.xysfiles, read.celfiles
list.xysfiles，read.celfiles


举例----------Examples----------


if (require(maqcExpression4plex) &amp; require(pd.hg18.60mer.expr)){
xysPath <- system.file("extdata", package="maqcExpression4plex")
xysFiles <- list.xysfiles(xysPath, full.name=TRUE)
ngsExpressionFeatureSet <- read.xysfiles(xysFiles)
}

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