R语言 oligo包 getNgsColorsInfo()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getNgsColorsInfo(oligo)
getNgsColorsInfo()所属R语言包：oligo

                                         Helper function to extract color information for filenames on NimbleGen arrays.
                                         NimbleGen阵列上的文件名中提取色彩信息的辅助功能。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function will (try to) extract the color information for NimbleGen arrays. This is useful when using read.xysfiles2 to parse XYS files for Tiling applications.
此功能将（尝试）提取NimbleGen阵列的颜色信息。 read.xysfiles2解析XYS文件拼接应用时使用，这是非常有用的。


用法----------Usage----------


getNgsColorsInfo(path = ".", pattern1 = "_532", pattern2 = "_635", ...)



参数----------Arguments----------

参数：path
path where to look for files
路径查找文件


参数：pattern1
pattern to match files supposed to go to the first channel
模式匹配应该去的第一个通道的文件


参数：pattern2
pattern to match files supposed to go to the second channel
要匹配的模式应该到第二个通道的文件


参数：...
extra arguments for list.xysfiles
额外的参数list.xysfiles


Details

详情----------Details----------

Many NimbleGen samples are identified following the pattern sampleID_532.XYS / sampleID_635.XYS.
许多NimbleGen的样品确定继的格局sampleID_532.XYS / sampleID_635.XYS。

The function suggests sample names if all the filenames follow the standard above.
如果所有的文件名遵循上述标准的功能表明样本名。


值----------Value----------

A data.frame with, at least, two columns: 'channel1' and 'channel2'. A third column, 'sampleNames', is returned if the filenames follow the sampleID_532.XYS / sampleID_635.XYS standard.
“通道1”和“通道2”：一，至少有两列数据框。第三列，的“sampleNames，则返回的文件名遵循的sampleID_532.XYS / sampleID_635.XYS标准。


作者（S）----------Author(s)----------



Benilton Carvalho <bcarvalh@jhsph.edu>


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注：
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