R语言 oligo包 crlmm()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

crlmm(oligo)
crlmm()所属R语言包：oligo

                                        Genotype Calls
                                         基因型呼吁

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Performs genotype calls via CRLMM (Corrected Robust Linear Model with Maximum-likelihood based distances).
执行通过CRLMM（修正最大似然基于距离的鲁棒线性模型）的基因型分型。


用法----------Usage----------


crlmm(filenames, outdir, batch_size=40000, balance=1.5,
      minLLRforCalls=c(5, 1, 5), recalibrate=TRUE,
      verbose=TRUE, pkgname, reference=TRUE)
justCRLMM(filenames, batch_size = 40000, minLLRforCalls = c(5, 1, 5),
recalibrate = TRUE, balance = 1.5, phenoData = NULL, verbose = TRUE,
pkgname = NULL, tmpdir=tempdir())



参数----------Arguments----------

参数：filenames
character vector with the filenames.
特征向量与文件名。


参数：outdir
directory where the output (and some tmp files) files will be saved.
输出目录（以及一些tmp文件）的文件将被保存。


参数：batch_size
integer defining how many SNPs should be processed at a time.
整数定义多少个SNPs，应在一段时间处理。


参数：recalibrate
Logical - should recalibration be performed?
逻辑 - 校准应进行呢？


参数：balance
Control parameter to balance homozygotes and heterozygotes calls.
控制参数来平衡纯合子和杂合子检测。


参数：minLLRforCalls
Minimum thresholds for genotype calls.
基因型分型的最低阈值。


参数：verbose
Logical.
逻辑。


参数：phenoData
phenoData object or NULL
phenoData对象或NULL


参数：pkgname
alt. pdInfo package to be used
ALT。要使用pdInfo包


参数：reference
logical, defaulting to TRUE ...
逻辑，默认为TRUE ...


参数：tmpdir
Directory where temporary files are going to be stored at.
将被存放在临时文件的目录。


值----------Value----------

SnpCallSetPlus object.
SnpCallSetPlus对象。

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。