R语言 oligo包 boxplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

boxplot(oligo)
boxplot()所属R语言包：oligo

                                        Boxplot
                                         盒形图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Boxplot for observed (log-)intensities in a FeatureSet-like object (ExpressionFeatureSet, ExonFeatureSet, SnpFeatureSet, TilingFeatureSet) and ExpressionSet.
盒形图的观察（log）在1的FeatureSet状物体（ExpressionFeatureSet，ExonFeatureSet，SnpFeatureSet，TilingFeatureSet）和ExpressionSet强度。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'FeatureSet'
boxplot(x, which=c("pm", "mm", "bg", "both", "all"), transfo=log2, nsample=10000, ...)

## S4 method for signature 'ExpressionSet'
boxplot(x, which, transfo=identity, nsample=10000, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
a FeatureSet-like object or ExpressionSet object.
FeatureSet，如对象或ExpressionSet对象。


参数：which
character defining what probe types are to be used in the plot.
字符定义探针类型图。


参数：transfo
a function to transform the data before plotting. See 'Details'.
改造前的数据绘制的功能。见“详细资料”。


参数：nsample
number of units to sample and build the plot.
单位数目，采样和建立的图。


参数：...
arguments to be passed to the default boxplot method.
参数被传递到默认的盒形图的方法。


Details

详情----------Details----------

The 'transfo' argument will set the transformation to be used. For raw data, 'transfo=log2' is a common practice. For summarized data (which are often in log2-scale), no transformation is needed (therefore 'transfo=identity').
变换，参数设置要使用的转变。对于原始数据，变换，= log2是一种常见的做法。对于汇总数据（往往以log2规模），没有需要转换（因此变换，=身份“）。


注意----------Note----------

The boxplot methods for FeatureSet and Expression use a sample (via sample) of the probes/probesets to produce the plot. Therefore, the user interested in reproducibility is advised to use set.seed.
的盒形图的方法FeatureSet和Expression使用探针/ probesets的一个样本（通过sample）生产的图。因此，在重现感兴趣的用户，建议使用set.seed。


参见----------See Also----------

hist, image, sample, set.seed
hist，image，sample，set.seed

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注：
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