R语言 oligoClasses包 getA()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getA(oligoClasses)
getA()所属R语言包：oligoClasses

                                        Compute average log-intensities / log-ratios
                                         计算平均登陆强度/注销比率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Methods to compute average log-intensities and log-ratios across alleles, within strand.
计算方法在平均等位基因数强度和log比率，内链。


用法----------Usage----------


getA(object)
getM(object)
A(object, ...)
B(object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
SnpQSet, SnpCnvQSet or TilingFeatureSet2 object.
SnpQSet，SnpCnvQSet或TilingFeatureSet2对象。


参数：...
arguments to be passed to allele - 'sense' and 'antisense' are valid values if the array is pre-SNP_5.0
参数被传递到allele - 感和反义是有效的值，如果阵列是预SNP_5.0


Details

详情----------Details----------

For SNP data, SNPRMA summarizes the SNP information into 4 quantities (log2-scale):
对于SNP数据，SNPRMA总结分为4批量（规模的log2）的单核苷酸多态性信息：

antisenseThetaAantisense allele A. (Not applicable for Affymetrix 5.0 and 6.0 platforms.)
antisenseThetaAantisense等位基因答：（Affymetrix的5.0和6.0平台不适用。）

antisenseThetaBantisense allele B. (Not applicable for Affymetrix 5.0 and 6.0 platforms.)
antisenseThetaBantisense等位基因B.（Affymetrix的5.0和6.0平台不适用。）

senseThetaAsense allele A.  (Not applicable for Affymetrix 5.0 and 6.0 platforms.)
senseThetaAsense等位基因答：（Affymetrix的5.0和6.0平台不适用。）

senseThataBsense allele B.  (Not applicable for Affymetrix 5.0 and 6.0 platforms.)
senseThataBsense等位基因B.（Affymetrix的5.0和6.0平台不适用。）

alleleAAffymetrix 5.0 and 6.0 platforms
alleleAAffymetrix 5.0和6.0平台

alleleBAffymetrix 5.0 and 6.0 platforms
alleleBAffymetrix 5.0和6.0平台

The average log-intensities are given by: (antisenseThetaA+antisenseThetaB)/2 and (senseThetaA+senseThetaB)/2.
平均登录强度的给出：(antisenseThetaA+antisenseThetaB)/2和(senseThetaA+senseThetaB)/2。

The average log-ratios are given by: antisenseThetaA-antisenseThetaB and senseThetaA-senseThetaB.
平均log比率：antisenseThetaA-antisenseThetaB和senseThetaA-senseThetaB。

For Tiling data, getM and getA return the log-ratio and average log-intensities computed across channels: M = log2(channel1)-log2(channel2) A = (log2(channel1)+log2(channel2))/2
平铺数据，getM和getA返回log的log率和平均强度计算各渠道：M = log2(channel1)-log2(channel2)A = (log2(channel1)+log2(channel2))/2

When large data support is enabled with the ff package, the AssayData elements of an AlleleSet object can be ff_matrix or ffdf, in which case pointers to the ff object are stored in the assay data.  The functions open and close can be used to open or close the connection, respectively.
当大量的数据支持与FF包启用，AlleleSet对象AssayData元素可以是ff_matrix或ffdf，在这种情况下指针到FF对象，在实验数据的存储。职能open和close可以用来打开或关闭连接，分别为。


值----------Value----------

A 3-dimensional array (SNP's x Samples x Strand) with the requested measure, when the input SNP data (50K, 250K).
一个3维数组（单核苷酸多态性的X样品的X东街）与所要求的措施，当输入数据的SNP（50K，250K）。

A 2-dimensional array (SNP's x Samples), when the input is from SNP 5.0 and SNP 6.0 arrays.
2维数组（单核苷酸多态性的X样品），当输入的SNP 5.0和6.0的SNP阵列。

A 2-dimensional array if the input is from Tiling arrays.
如果输入一个2维数组从拼接阵列。


参见----------See Also----------

snprma
snprma

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