R语言 NormqPCR包 makeAllNAs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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makeAllNAs(NormqPCR)
makeAllNAs()所属R语言包：NormqPCR

                                         Make all Ct values NA  
                                         使所有的Ct值无

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Make all Ct values for a given detector NA when the number of NAs for that detector is above a given threshold
请为某一探测器北美的所有Ct值时，该探测器的NAS是一个给定的阈值以上


用法----------Usage----------


makeAllNAs(qPCRBatch, ...)

## S4 method for signature 'qPCRBatch'
makeAllNAs(qPCRBatch, contrastM, sampleMaxM)



参数----------Arguments----------

参数：qPCRBatch
Expression set containing qPCR data.
qPCR数据设置的表达。


参数：...
Extra arguments, detailed below
额外的参数，下面详细介绍


参数：contrastM
Contrast Matrix like that used in limma. Columns represent the different samples types, rows are the different samples, with a 1 or 0 in the matrix indicating which sample types the different samples belong to.
像limma使用的对比矩阵。列代表不同类型的样品，行是不同的样品，用1或0表明属于不同的样品，样品类型的矩阵。


参数：sampleMaxM
Sample Max Matrix. Columns represent the different sample types. There is one value per column, which represents the max number of NAs allowed for that sample type.
样品最大矩阵。列代表不同类型的样品。有一个值，每列表示，样本类型所允许的最大数量的NAS。


Details

详情----------Details----------

Make all NAs when number of NAs above a given threshold
当NAS的数量超过给定阈值，使所有的NAS


值----------Value----------

qPCRBatch object with a new exprs slot, everything else equal
qPCRBatch新exprs插槽的对象，一切等于


作者（S）----------Author(s)----------


James Perkins <a href="mailto:jperkins@biochem.ucl.ac.uk">jperkins@biochem.ucl.ac.uk</a>



举例----------Examples----------


  # read in the data[读取数据]
  path <- system.file("exData", package = "NormqPCR")
  taqman.example <- file.path(path, "example.txt")
  qPCRBatch.taqman <- read.taqman(taqman.example)
  exprs(qPCRBatch.taqman)["Ccl20.Rn00570287_m1",] # values before[值前]

  # make contrastM[使contrastM]
  a &lt;- c(0,0,1,1,0,0,1,1) # one for each sample type, with 1 representing[每个样品类型，1代表]
  b &lt;- c(1,1,0,0,1,1,0,0) # position of sample type in the samplenames vector[样品类型的位置在samplenames向量]
  contM <- cbind(a,b)
  colnames(contM) &lt;- c("case","control") # then give the names of each sample type[然后给每个样品类型的名称]
  rownames(contM) &lt;- sampleNames(qPCRBatch.taqman) # and the rows of the matrix[矩阵的行]
  contM

  # make sampleMaxM[使sampleMaxM]
  sMaxM &lt;- t(as.matrix(c(3,3))) # now make the sample max matrix[现在样品最大矩阵]
  colnames(sMaxM) &lt;- c("case","control") # make sure these line up with samples[确保这些线与样本]
  sMaxM

  # function[功能]
  qPCRBatch.taqman.replaced <- makeAllNAs(qPCRBatch.taqman, contM, sMaxM)
  exprs(qPCRBatch.taqman.replaced)["Ccl20.Rn00570287_m1",]

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