R语言 nem包 SCCgraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SCCgraph(nem)
SCCgraph()所属R语言包：nem

                                        Combines Strongly Connected Components into single nodes
                                         结合成单一节点的强连通分量

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

SCCgraph is used to identify all nodes which are not distinguishable given the data.
SCCgraph是用来识别所有节点提供的数据无法区分。


用法----------Usage----------


SCCgraph(x,name=TRUE,nlength=20)



参数----------Arguments----------

参数：x
graphNEL object or an adjacency matrix
graphNEL对象或邻接矩阵


参数：name
Concatenate all names of summarized nodes, if TRUE, or number nodes, if FALSE. Default: TRUE
串连总结节点名称，如果为TRUE，或数量的节点，如果为FALSE。默认：true


参数：nlength
maximum length of names
名称的最大长度


Details

详情----------Details----------

A graph inferred by either nem or nemModelSelection may have cycles if some phenotypic profiles are not distinguishable. The function SCCgraph identifies cycles in the graph (the strongly conneced components) and summarizes them in a single node. The resulting graph is then acyclic.  
要么nem推断一个图或nemModelSelection可能有周期的，如果某些表型的配置文件是没有区别的。的功能SCCgraph标识图（强烈conneced的组件）的周期，并总结他们在一个单一的节点。然后无环图。


值----------Value----------


参数：graph
a graphNEL object with connected components of the input graph summarized into single nodes
输入图中的连接部件与graphNEL对象归纳为单一节点


参数：scc
a list mapping SCCs to nodes
列表映射SCC的节点


参数：which.scc
a vector mapping nodes to SCCs
一个向量映射节点鳞癌


作者（S）----------Author(s)----------


Florian Markowetz <URL: http://genomics.princeton.edu/~florian>, Holger Froehlich <URL: http://www.dkfz.de/mga2/people/froehlich>



参见----------See Also----------

nem, transitive.reduction
nem，transitive.reduction


举例----------Examples----------


   data("BoutrosRNAi2002")
   D   <- BoutrosRNAiDiscrete[,9:16]
   res <- nem(D,control=set.default.parameters(unique(colnames(D)), para=c(.13,.05)))
   # []
   sccg <- SCCgraph(res$graph,name=TRUE)
   #[]
   par(mfrow=c(1,2))
   plot.nem(res, main="inferred from data")
   plot(sccg$graph, main="condensed (rel,key)")

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