R语言 nem包 nemModelSelection()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

nemModelSelection(nem)
nemModelSelection()所属R语言包：nem

                                        Model selection for nested effect models
                                         嵌套效应模型的模型选择

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Infers models with different regularization constants, compares them via the BIC or AIC criterion and returns the highest scoring one
推断不同正规化常量的模型，通过BIC或者AIC准则进行比较，并返回得分最高的之一


用法----------Usage----------


nemModelSelection(lambdas,D,inference="nem.greedy",models=NULL,control=set.default.parameters(unique(colnames(D))),verbose=TRUE,...)



参数----------Arguments----------

参数：lambdas
vector of regularization constants
正规化常数向量


参数：D
data matrix with experiments in the columns (binary or continious)
矩阵中列的实验数据（二进制或305.11）


参数：inference
search to use exhaustive enumeration, triples for triple-based inference, pairwise for the pairwise heuristic, ModuleNetwork for the module based inference, nem.greedy for greedy hillclimbing, nem.greedyMAP for alternating MAP optimization using log odds or log p-value densities
search使用详尽列举，triples三重基于推理，pairwise为成对启发式，ModuleNetwork的模块为基础的推理，nem.greedy贪婪hillclimbing ，nem.greedyMAPp值交替图优化log赔率或log密度


参数：models
a list of adjacency matrices for model search. If NULL, an exhaustive enumeration of all possible models is performed.
邻接矩阵模型搜索列表。如果为NULL，详尽列举所有可能的模式进行。


参数：control
list of parameters: see set.default.parameters
参数列表：看到set.default.parameters


参数：verbose
do you want to see progression statements? Default: TRUE
你想看到进展的报表？默认：true


参数：...
other arguments to pass to function nem or network.AIC
其他参数传递函数nem或network.AIC


Details

详情----------Details----------

nemModelSelection internally calls nem to infer a model with a given regularization constant. The comparison between models is based on the BIC or AIC criterion, depending on the parameters passed to network.AIC.
nemModelSelection内部调用nem推断模型与一个给定的正则常数。模型之间的比较是基于BIC或者AIC准则，根据参数传递到network.AIC。


值----------Value----------

nem object
NEM对象


作者（S）----------Author(s)----------


Holger Froehlich



参见----------See Also----------

set.default.parameters, nem, network.AIC
set.default.parameters，nem，network.AIC


举例----------Examples----------


   data("BoutrosRNAi2002")
   D <- BoutrosRNAiDiscrete[,9:16]   
   hyper = set.default.parameters(unique(colnames(D)), para=c(0.13, 0.05), Pm=diag(4))
   res <- nemModelSelection(c(0.1,1,10), D, control=hyper)      
   
   plot.nem(res,main="highest scoring model")      

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。