BoutrosRNAi2002(nem)
BoutrosRNAi2002()所属R语言包：nem
RNAi data on Drosophila innate immune response
RNAi的数据对果蝇先天免疫反应
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Data from a study on innate immune response in Drosophila (Boutros et al, 2002). Selectively removing signaling components by RNAi blocked induction of all, or only parts, of the transcriptional response to LPS. The nested structure of perturbation effects allows to reconstruct a branching in the Imd pathway.
（布特罗斯等，2002）在果蝇先天免疫反应的研究数据。选择性地消除信号元件，通过RNAi阻断诱导或转录对LPS的反应只有部分。嵌套结构的扰动作用可以重建一个分支在IMD的途径。
用法----------Usage----------
data(BoutrosRNAi2002)
格式----------Format----------
BoutrosRNAiExpression: data matrix: 14010 x 16 BoutrosRNAiDiscrete: binary matrix: 68 x 16
BoutrosRNAiExpression：14010×16 BoutrosRNAiDiscrete：二进制矩阵：68×16矩阵数据：
Details
详情----------Details----------
The dataset consists of 16 Affymetrix-microarrays: 4 replicates of control experiments without LPS and without RNAi (negative controls), 4 replicates of expression profiling after stimulation with LPS but without RNAi (positive controls), and 2 replicates each of expression profiling after applying LPS and silencing one of the four candidate genes tak, key, rel, and mkk4/hep.
该数据集由16 Affymetrix公司的芯片：4重复控制实验没有LPS和无RNA干扰（阴性对照），4个重复LPS刺激后的表达谱，但无RNA干扰（阳性对照），2个重复申请后基因表达谱LPS和沉默四个候选基因德，关键，REL，mkk4/hep之一。
BoutrosRNAiExpression: For preprocessing we performed normalization on probe level using a variance stabilizing transformation (Huber et al, 2002), and probe set summarization using a median polish fit of an additive model (Irizarry et al, 2003).
BoutrosRNAiExpression：预处理，我们进行了探测水平标准化使用中位数的加法模型（Irizarry等，2003）波兰适合使用方差稳定变换（Huber等人，2002年），和探针组总结。
BoutrosRNAiDiscrete: contains only the 68 genes more than two-fold up-regulated between negative and positive controls. The continuous expression values are discretized to 1 (effect: closer to negative controls) and 0 (no effect: closer to positive controls).
BoutrosRNAiDiscrete：只包含68个以上的阴性和阳性对照之间的两倍上调基因。连续表达值离散1（效果：接近阴性对照）和0（无效果：阳性对照）。
BoutrosRNAiDens: log p-value density matrix for the 68 genes with more than two-fold up-regulated between negative and positive controls.
BoutrosRNAiDenslogp值的68个基因的密度超过2倍之间的阴性和阳性对照上调矩阵。
BoutrosRNAiLods: B-value matrix for the 68 genes with more than two-fold up-regulated between negative and positive controls.
BoutrosRNAiLods：B值超过2倍之间的阴性和阳性对照上调68个基因的矩阵。
BoutrosRNAiLogFC: matrix with log fold changes
BoutrosRNAiLogFC：log矩阵倍的变化
参考文献----------References----------
during innate immune responses in Drosophila. Developmental Cell. 3(5):711-722, 2002
参见----------See Also----------
nem.discretize
nem.discretize
举例----------Examples----------
data("BoutrosRNAi2002")
dim(BoutrosRNAiExpression)
dim(BoutrosRNAiDiscrete)
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发表于 2012-2-26 07:44:57
