R语言 Mulcom包 mulParOpt()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mulParOpt(Mulcom)
mulParOpt()所属R语言包：Mulcom

                                        MulCom Parameters Optimization
                                         MulCom参数优化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

MulCom parameter optimization function to identify best combination of t and m providing maximum number of genes at a given FDR
MulCom参数优化功能，以确定最佳组合T和M提供的最大数量的基因，在一个给定的FDR


用法----------Usage----------


   mulParOpt(perm, M.Opt, ind, th, image = "T")



参数----------Arguments----------

参数：perm
a object with permutated MulCom Scores
与permutated MulCom比分对象


参数：M.Opt
an MulCom optimization object
一个MulCom优化目标


参数：ind
index corresponding to the comparison to plot
指数相应的图比较


参数：th
a threshold for the FDR plot
为FDR图的阈值


参数：image
default = "T", indicates is print the MulCom optimization plot
默认=“T”表示的是打印的MulCom的优化图


Details

详情----------Details----------

mulParOpt     The function mulParOpt is designed to identify the optimal m and t values combination leading to the maximum number of differentially regulated genes satisfying an user define FDR threshold. In case of equal number of genes, the combination of m and t with the lower FDR will be prioritized. In case of both identical number of genes and FDR, the function will chose the highest t. The function optionally will define a graphical output to visually inspect the performance of the test at given m and t parameters for a certain comparison.
mulParOpt的的功能mulParOpt设计，以确定最佳的m和t值的组合，导致差异调节基因满足用户定义FDR阈值的最大数量。在基因的数目相等的情况下，M和T的组合与较低的FDR将被优先考虑。在双方的基因和FDR的相同数目的情况下，该函数将选择最牛逼。可选的功能将定义一个图形输出，目视检查在给定的M和T参数一定的对比测试的性能。


作者（S）----------Author(s)----------


Claudio Isella, <a href="mailto:claudio.isella@ircc.it">claudio.isella@ircc.it</a>



举例----------Examples----------


   data(benchVign)
   mulcom_perm <- mulPerm(Affy, Affy$Groups, 10,2)
   mulcom_opt <- mulOpt(mulcom_perm, vm=seq(0.1, 0.5, 0.1), vt=seq(1, 3,1))
   mulParOpt(mulcom_perm, mulcom_opt, 1, 0.05)

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