R语言 MSnbase包 removeReporters-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

removeReporters-methods(MSnbase)
removeReporters-methods()所属R语言包：MSnbase

                                         Removes reporter ion tag peaks
                                         删除记者离子标记峰

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This methods sets all the reporter tag ion peaks from one MS2 spectrum or all the MS2 spectra of an experiment to 0. Reporter data is specified using an "ReporterIons" instance. The peaks are selected around the expected reporter ion m/z value +/- the reporter width.  Optionally, the spectrum/spectra can be cleaned to remove successive 0 intensity data points (see the clean function for details).
此方法设置的所有记者从一个MS2的频谱或所有MS2的光谱实验0标签离子峰。记者的数据指定使用"ReporterIons"实例。峰周围预期记者离子选择M / z值+ /  - 记者宽度。可选，频谱/光谱可以cleaned删除连续0强度数据点（见clean细节功能）。

Note that this method only works for MS2 spectra or experiments that contain MS2 spectra. It will fail for MS1 spectrum.
注意，此方法仅适用于MS2的光谱或包含MS2的光谱实验工作。它会失败MS1的频谱。


方法----------Methods----------

clean = "logical", verbose = "logical" )</dt>  The reporter ion peaks defined in the reporters instance of all the MS2 spectra of the "MSnExp" instance are set to 0 and, if clean is set to TRUE, cleaned. The default value of reporters is NULL, which leaves the spectra as unchanged. The verbose parameter (default is TRUE) defines whether a progress bar should be showed.
清洁=“逻辑”，详细的“逻辑”）</代码> </ DT>定义的reporters实例的所有MS2的光谱实例"MSnExp"记者离子峰都设置为0 ，如果clean设置为TRUE，清理。默认值reporters的NULL，留下不变的光谱。 verbose参数（默认为TRUE）定义是否应表明一个进度条。

clean = "FALSE")</dt>  The reporter ion peaks defined in the reporters instance of MS2 "Spectrum" instance are set to 0 and, if clean is set to TRUE, cleaned. The default value of reporters is NULL, which leaves the spectrum as unchanged.
清洁=“假”）</代码> </ DT>记者reportersMS2的实例中定义的离子峰"Spectrum"实例都设置为0，如果clean设置为TRUE，清洗。默认值reporters的NULL，留下不变的频谱。


作者（S）----------Author(s)----------



Laurent Gatto &lt;lg390@cam.ac.uk&gt;




参见----------See Also----------

clean and removePeaks for other spectra processing methods.
clean和removePeaks其他谱加工方法。


举例----------Examples----------


sp1 <- itraqdata[[1]]
sp2 <- removeReporters(sp1,reporters=iTRAQ4)
sel <- mz(sp1) > 114 &amp; mz(sp1) < 114.2
mz(sp1)[sel]
intensity(sp1)[sel]
plot(sp1,full=TRUE,reporters=iTRAQ4)
intensity(sp2)[sel]
plot(sp2,full=TRUE,reporters=iTRAQ4)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。