R语言 MSnbase包 removePeaks-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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removePeaks-methods(MSnbase)
removePeaks-methods()所属R语言包：MSnbase

                                         Removes low intensity peaks
                                         删除强度低峰

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This method sets low intensity peaks from individual spectra (Spectrum instances) or whole experiments (MSnExp instances) to 0. The intensity threshold is set with the t parameter. Default is the "min" character. The threshold is then set as the non-0 minimum intensity found in the spectrum. Any other numeric values is valid. All peaks with maximum intensity smaller or equal to t are set to 0.
此方法设置从个别光谱（Spectrum实例）或整个实验（MSnExp实例）为0的低强度峰。 t参数强度阈值设置。默认是"min"字符。然后设置阈值的光谱中发现的非0的最低强度。任何其他数值是有效的。最大强度较小或等于t所有峰都设置为0。

Note that the number of peaks is not changed; the peaks below the threshold are set to 0 and the object is not cleanded out (see clean). An illustrative example is shown below.
需要注意的是峰的数目没有改变;低于阈值的峰均设置为0，对象不cleanded（见clean）。一个例子如下所示。


方法----------Methods----------

Removes low intensity peaks of all spectra in MSnExp object. t sets the minimum peak intensity. Default is "min", i.e the smallest intensity in each spectrum. Other numeric values are valid. Displays a control bar if verbose set to TRUE (default). Returns a new MSnExp instance.
删除MSnExp对象中的所有光谱强度低峰。 t设置的最低峰值强度。默认是“分”，即在每个频谱的最小强度。其他numeric值是有效的。显示控制栏，如果详细的设置TRUE（默认）。返回一个新的MSnExp实例。

Removes low intensity peaks of Spectrum object.  t sets the minimum peak intensity. Default is "min", i.e the smallest intensity in each spectrum. Other numeric values are valid. Returns a new Spectrum instance.
Spectrum对象中删除的低强度峰。 t设置的最低峰值强度。默认是“分”，即在每个频谱的最小强度。其他numeric值是有效的。返回一个新的Spectrum实例。


作者（S）----------Author(s)----------



Laurent Gatto <lg390@cam.ac.uk>




参见----------See Also----------

clean and trimMz for other spectra processing methods.
clean和trimMz其他谱加工方法。


举例----------Examples----------


int <- c(2,0,0,0,1,5,1,0,0,1,3,1,0,0,1,4,2,1)
sp1 <- new("Spectrum2",
           intensity=int,
           mz=1:length(int))
sp2 &lt;- removePeaks(sp1) ## no peaks are removed here[这里将被删除＃无峰]
                        ## as min intensity is 1 and[＃分钟强度是1]
                        ## no peak has a max int &lt;= 1[＃峰有一个最大INT <= 1]
sp3 <- removePeaks(sp1,3)
intensity(sp1)
intensity(sp2)
intensity(sp3)

peaksCount(sp1) == peaksCount(sp2)
peaksCount(sp1) < peaksCount(sp3)

file <- dir(system.file(package="MSnbase",dir="extdata"),
            full.name=TRUE,pattern="mzXML$")
aa <- readMSData(file)
aa <- removePeaks(aa)
processingData(aa)

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