R语言 MSnbase包 readIspyData()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readIspyData(MSnbase)
readIspyData()所属R语言包：MSnbase

                                         Reads an ispy2 result spread sheet and creates a fully featured 'MSnSet' instance.
                                         读取一个ispy2结果试算表，并创建一个全功能的“MSnSet”的实例。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads an ispy2 tab-delimited spreadsheet and generates the corresponding MSnSet object.
读取的ispy2制表符分隔的电子表格，并生成相应的MSnSet对象。


用法----------Usage----------


readIspyData(file = "ispy_results.tsv", uniquePeps = TRUE, pep = 0.05,
  na.rm = TRUE, min.int = 0, reporters = 19:23, keepAll = FALSE,
  verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：file
A character, indicating the file name to be read in. Default is "ispy_results.tsv".
一个character，表示要读。默认的文件名是“ispy_results.tsv”。


参数：uniquePeps
A logical, indicating whether only unique peptides should be included. Default is TRUE.  
一个logical，说明应包括是否唯一的肽。默认值是TRUE。


参数：pep
A numeric indicating the posterior error probability  threshold for peptides to be considered correctly identified. Default is 0.05.  
一个numeric指示后的肽被认为是正确识别错误的概率阈值。默认值是0.05。


参数：na.rm
A logical indicating whether reporter ions containing one or more NA values should be excluded. Default is TRUE.   
一个logical指示是否含有一个或多个适用值的记者离子应排除在外。默认值是TRUE。


参数：min.int
A numeric indicating the minimal summed intensity threshold for reporter data to be imported. Default is 0. Note that 'NA' values are excluded when summing the values.   
一个numeric表示记者要导入的数据总结的最小强度阈值。默认为0。总结的值时，需要注意的是“不适用”的价值被排除。


参数：reporters
A numeric indicating column indices of reporter ions quantitation data. Default is 19:23 for iTRAQ 4-plex.  
一个numeric说明记者离子定量数据列指数。默认是19:23 iTRAQ的4重。


参数：keepAll
A logical that defines whether all features of the ispy result should be imported. If 'TRUE', 'pep', 'na.rm' and  'min.int' are ignored. This is equivalent to 'pep=1', 'na.rm=FALSE' and 'min.int=0'. Default is 'FALSE'.  
一个logical定义是否应导入功能所有的ispy结果。如果“TRUE”，“打气”，“na.rm和min.int被忽略。这相当于“PEP = 1，na.rm = FALSE和min.int = 0”。默认为“假”。


参数：verbose
A logical indicating whether verbose output is to be printed out.  
一个logical指示是否是要打印出详细的输出。


值----------Value----------

An object of class "MSnSet".
对象类"MSnSet"。


作者（S）----------Author(s)----------



Laurent Gatto




参考文献----------References----------

developed by Phil D. Charles <pdc35@cam.ac.uk> at CCP http://www.bio.cam.ac.uk/proteomics/. No ispy references published yet.

参见----------See Also----------

readMSData to import raw data.
readMSData导入原始数据。


举例----------Examples----------


## Not run: ispy &lt;- readIspyData("ispy_results.tsv")[＃无法运行：ispy < -  readIspyData（“ispy_results.tsv”）]

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