R语言 MSnbase包 plot2d-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot2d-methods(MSnbase)
plot2d-methods()所属R语言包：MSnbase

                                        The 'plot2d' method for 'MSnExp' quality assessment
                                         plot2d方法MSnExp质量评估

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These methods plot the retention time vs. precursor MZ for the whole "MSnExp" experiment. Individual dots will be colour-coded to describe individual spectra's peaks count, total ion count, precursor charge (MS2 only) or file of origin.
这些方法绘制整个"MSnExp"实验的保留时间，对易制毒化学锰锌。个别的点，将彩色编码来形容个别光谱的峰计数，总离子数，易制毒化学费（MS2的）或原产地文件。

The methods make use the ggplot2 system. An object of class 'ggplot' is returned invisibly.
该方法使使用ggplot2系统。返回无形一个类的ggplot“的对象。


参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class "MSnExp" or and 'data.frame'. In the latter case, the data frame must have numerical columns named 'retention.time' and 'precursor.mz' and one of 'tic', 'file', 'peaks.count' or 'charge', depending on the z parameter. Such a data frame is typically generated using the header method on "MSnExp" object.  
类"MSnExp"和“数据框”的对象。在后一种情况下，必须有数据框数值列名为“retention.time和precursor.mz和一个抽动，文件，peaks.count或充电，z参数。这样一个数据框通常使用header方法"MSnExp"对象。


参数：z
A character indicating according to what variable to colour the dots. One of, possibly abreviated, "tic" (total ion count), "file" (raw data file), "peaks.count" (peaks count) or "charge" (precursor charge).   
说明根据什么变量，以色点的字符。其一，可能是缩写为“香港旅游业议会”（总离子数），“文件”（原始数据文件），“peaks.count”（峰计数）或“充电”（易制毒化学费）。


参数：alpha
Numeric [0,1] indicating transparence level of points.   
数字[0,1]表明透明点水平。


参数：plot
A logical indicating whether the plot should be printed (default is 'TRUE').  
一个逻辑图是否应印（默认为“真”）。


方法----------Methods----------

Plots a 'MSnExp' summary.
绘制MSnExp“总结。

Plots a summary of the 'MSnExp' experiment described by the data frame.
图汇总数据框所描述的MSnExp“实验。


作者（S）----------Author(s)----------



Laurent Gatto <lg390@cam.ac.uk>




参见----------See Also----------

The plotDensity and plotMzDelta methods for other QC plots.
plotDensity和plotMzDelta其他质控图的方法。


举例----------Examples----------


itraqdata
plot2d(itraqdata,z="tic")
plot2d(itraqdata,z="peaks.count")
plot2d(itraqdata,z="charge")

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