R语言 MotIV包 exportAsRangedData()函数中文帮助文档(中英文对照)

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exportAsRangedData(MotIV)
exportAsRangedData()所属R语言包：MotIV

                                        Export MotIV Results
                                         出口MotIV结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Export your
导出您的


用法----------Usage----------


exportAsRangedData(x, y, correction=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class motiv.
对象类motiv。


参数：y
The rGADEM type object associated with the motiv object.
与motiv 对象rGADEM类型的对象。


参数：correction
If TRUE, corrects the position according to the alignment.        
如果TRUE，纠正的位置对齐。


Details

详情----------Details----------

Use this function to export the results into a RangedData object.
使用此功能导出到一个RangedData对象的结果。


值----------Value----------

An object of type RangedData.
一个对象的类型RangedData。


作者（S）----------Author(s)----------


Eloi Mercier &lt;<a href="mailto:emercier@chibi.ubc.ca">emercier@chibi.ubc.ca</a>&gt;



举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[＃＃＃＃数据库和成绩＃＃＃＃＃]
path <- system.file(package="MotIV")
jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))

#####Input#####[＃＃＃＃输入＃＃＃＃＃]
data(FOXA1_rGADEM)
motifs <- getPWM(gadem)
motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1)

#####Analysis#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃分析]
foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)
summary(foxa1.analysis.jaspar )

#####Filters#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃过滤器]
f.foxa1<-setFilter(name="", tfname="FOXA1", top=3, evalueMax=10^-5)
f.ap1 <- setFilter (tfname="AP1", top=3)
f.foxa1.ap1 <- f.foxa1 | f.ap1
foxa1.filter <- filter(foxa1.analysis.jaspar, f.foxa1.ap1, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.split <- split(foxa1.analysis.jaspar, c(f.foxa1, f.ap1) , drop=FALSE, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.filter.combine <- combineMotifs(foxa1.filter, c(f.foxa1, f.ap1), exact=FALSE, name=c("FOXA1", "AP1"), verbose=TRUE)

#####Plots#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃图解]
#plot(foxa1.filter.combine, ncol=2,top=5, rev=FALSE, main="FOXA1", bysim=TRUE)[图（foxa1.filter.combine，NCOL = 2，顶部= 5，REV = FALSE，主要=“FOXA1”，bysim = TRUE）]
#plot(foxa1.filter.combine ,gadem,ncol=2, type="distribution", correction=TRUE, group=FALSE, bysim=TRUE, strand=FALSE, sort=TRUE, main="FOXA1")[图（foxa1.filter.combine，gadem，NCOL = 2，类型=“分配”，修正= TRUE，bysim组= FALSE = TRUE时，钢绞线= FALSE，排序= TRUE，则主要=“FOXA1”）]
#plot(foxa1.filter.combine ,gadem,type="distance", correction=TRUE, group=TRUE, bysim=TRUE, main="FOXA1", strand=FALSE, method=3, xlim=c(-100,100), darg=list(bw=8))[图（foxa1.filter.combine，gadem，类型=“距离”，修正= TRUE组= TRUE，bysim = TRUE，主要=“FOXA1”，钢绞线= FALSE，方法，xlim = 3 = C（-100,100）， darg =列表（BW = 8））]

#####RangedData#####[＃＃＃＃RangedData＃＃＃＃＃]
foxa1.rd <- exportAsRangedData(foxa1.filter.combine["FOXA1"], gadem)
ap1.rd <- exportAsRangedData(foxa1.filter.combine["AP1"], gadem)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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