R语言 MotIV包 combineMotifs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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combineMotifs(MotIV)
combineMotifs()所属R语言包：MotIV

                                        Combine Motifs
                                         结合基序

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function combines motifs according to a set of filters.
此功能相结合的图案，根据一组过滤器。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'motiv,filters'
combineMotifs(x, y, name=NULL,exact=TRUE,verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class motiv.
对象类motiv。


参数：y
A filter or a set of filter.
一个过滤器或一组过滤器。


参数：name
Name(s) to be given for similar motifs.
（S）应给予类似的图案。


参数：verbose
If FALSE, no output will be print.
如果FALSE，没有输出将打印。


参数：exact
If TRUE, search only for perfect name match.
如果TRUE，寻找完美的名称匹配。


Details

详情----------Details----------

This function is used to consider some motifs as a unique motif or similar motifs.
这个函数是用来考虑一些图案作为一个独特的主题或similar图案。

Many filters could be pass in argument separated by coma. They will be considered independently (coma is considered as OR).
许多filters可以通过分隔参数昏迷。他们将被视为独立（昏迷OR的考虑）。

If a name or a vector of name is provided, it will be used to assign new name for similar motif  to the corresponding filter. Else, a generic name is used.
如果名称或向量，它会被用来分配到相应的过滤器类似主题的新名称。否则，一个通用名称使用。


值----------Value----------

A motiv object.
一个motiv对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Eloi Mercier &lt;<a href="mailto:emercier@chibi.ubc.ca">emercier@chibi.ubc.ca</a>&gt;



参见----------See Also----------

setFilter , filter, split
setFilter，filter，split


举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[＃＃＃＃数据库和成绩＃＃＃＃＃]
path <- system.file(package="MotIV")
jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))

#####Input#####[＃＃＃＃输入＃＃＃＃＃]
data(FOXA1_rGADEM)
motifs <- getPWM(gadem)
motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1)

#####Analysis#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃分析]
foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)
summary(foxa1.analysis.jaspar )

#####Filters#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃过滤器]
f.foxa1<-setFilter(name="", tfname="FOXA1", top=3, evalueMax=10^-5)
f.ap1 <- setFilter (tfname="AP1", top=3)
f.foxa1.ap1 <- f.foxa1 | f.ap1
foxa1.filter <- filter(foxa1.analysis.jaspar, f.foxa1.ap1, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.filter.combine <- combineMotifs(foxa1.filter, c(f.foxa1, f.ap1), exact=FALSE, name=c("FOXA1", "AP1"), verbose=TRUE)

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