R语言 mosaics包 export()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

export(mosaics)
export()所属R语言包：mosaics

                                         Export peak calling results to text files
                                         高峰调用结果导出文本文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Export peak calling results to text files in TXT, BED, or GFF file format.
出口高峰期的调用结果在TXT文本文件，床，或GFF文件格式。


用法----------Usage----------


export(object, ...)
## S4 method for signature 'MosaicsPeak'
export( object, type=NA, fileLoc=NA, fileName=NA )



参数----------Arguments----------

参数：object
Object of class MosaicsPeak, peak calling results obtained using method mosaicsPeak.  
Object类的MosaicsPeak，峰值通话结果获得使用方法mosaicsPeak。


参数：type
File format. Possible values are "txt", "bed", and "gff". See Details.  
文件格式。可能值"txt"，"bed"，"gff"。查看详细信息。


参数：fileLoc
Directory of the exported file.      
导出文件的目录。


参数：fileName
Name of the exported file.      
导出文件的名称。


参数：...
Other parameters to be passed through to generic export.
其他参数可以通过通用的export。


Details

详情----------Details----------

TXT file format (type="txt") exports peak calling results in the most informative way. Columns include chromosome ID, peak start position, peak end position, peak width,  average posterior probability, minimum posterior probability,  average ChIP tag count, maximum ChIP tag count,  average input tag count, average input tag count scaled by sequencing depth,  average log base 2 ratio of ChIP over input tag counts, average mappability score,  and average GC content score in each peak.  type="bed" and type="gff" export peak calling results in standard BED and GFF file formats, respectively, where score is the average ChIP tag counts in each peak. If no peak is detected, files will not be exported.
TXT文件格式（type="txt"）出口高峰最翔实的方式调用的结果。列包括染色体编号，高峰期的开始位置，结束位置高峰，峰宽，平均后验概率，最小后验概率，平均芯片标记计数，最大的芯片标记计数，平均输入标签计数，平均测序深度缩放输入标签计数，平均log碱基2的比例超过输入标签计数，平均mappability得分，每个峰的GC含量平均得分芯片。 type="bed"和type="gff"出口高峰期调用标准床和GFF文件格式的结果，分别得分为每个峰的平均芯片标记计数。如果没有检测到峰值，文件将不会被导出。


作者（S）----------Author(s)----------


Dongjun Chung, Pei Fen Kuan, Sunduz Keles



参考文献----------References----------

"A Statistical Framework for the Analysis of ChIP-Seq Data",  Journal of the American Statistical Association, Vol. 106, pp. 891-903.

参见----------See Also----------

mosaicsPeak, MosaicsPeak.
mosaicsPeak，MosaicsPeak。


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(mosaicsExample)
data(exampleFit)

examplePeak <- mosaicsPeak( exampleFit, signalModel = "2S", FDR = 0.05 )
export( examplePeak, type = "txt", fileLoc = "./", fileName = "TSpeakList.txt" )
export( examplePeak, type = "bed", fileLoc = "./", fileName = "TSpeakList.bed" )
export( examplePeak, type = "gff", fileLoc = "./", fileName = "TSpeakList.gff" )

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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